A greater than expected variability among OXA-48-like carbapenemases

Abstract

International audienceBackground: OXA-48-like carbapenemases represent a major health concern given their difficult detection, their epidemic behavior and their propensity to modify their spectrum of hydrolysis through point mutations. Objective: To get an extensive view on the current variability among OXA-48-like enzymes, we haveretrieved all the sequences available from NCBI (National Center for Biotechnology Information).Method: We carried out several BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) searches in the NCBI’s “nr” and “nr_env” databases (downloaded on December 20th, 2016) using known members of OXA-48-likesubfamily as query.Results: While 23 variants have assigned OXA-numbers, 62 novel alleles have been identified. Theycorrespond to novel enzymes with mutations located in some cases within the conserved active site motives. The important number of novel variants identified by this study is of great interest, since it provides a more realistic assessment of OXA-48-like variants.Conclusion: A large variety of OXA-48-like enzymes has been unraveled through our bioinformatic search for variants. The finding of OXA-48-like enzymes in environmental isolates may reflect the contamination by Enterobactericeae producing OXA-48-like enzymes and/or the presence of Shewanella spp. isolates.Introducere: Carbapenemazele OXA-48-like reprezintă o problemă majoră pentru sănătate, având învedere detectarea lor dificilă, comportamentul epidemic și tendința lor de a-și modifica spectrul de hidrolizăprin mutații punctiforme.Obiectiv: Pentru a obține o imagine amplă asupra variabilității actuale a enzimelor OXA-48-like, amrecuperat toate secvențele disponibile de la NCBI (National Center for Biotechnology Information).Metodă: Am efectuat mai multe căutări BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) în bazele de date„nr” și „nr_env” ale NCBI (descărcate pe 20 decembrie 2016), utilizând ca interogare membrii cunoscuți aisub-familiei OXA-48.Rezultate: În timp ce unui număr de 23 de variante li s-au atribuit numere OXA, au fost identificate 62 dealele noi. Acestea corespund noilor enzime cu mutații localizate în unele cazuri în cadrul motivelor conservateale site-ului activ. Numărul important de variante noi identificate în acest studiu este de mare interes, deoareceoferă o evaluare mai realistă a variantelor de tip OXA-48-like.Concluzie: O mare varietate de enzime OXA-48-like a fost descoperită în urma căutării bioinformaticea variantelor. Detectarea enzimelor OXA-48-like în izolate din mediu poate reflecta contaminarea cuEnterobactericeae producătoare de enzime OXA-48-like și/sau prezența de izolate Shewanella spp.Cuvinte-cheie: OXA-48, variabilitate, variante