“In silico” identification of microRNAs target genes related with stress in a model organism (Danio rerio) and a species of commercial interest (Solea senegalensis)
28 páginas, ilustraciones, tablas, referencias bibliográficas[ES] La importancia de los miARN en la regulación postranscripcional de numerosos procesos biológicos ha desencadenado la necesidad de desarrollar herramientas in silico para la predicción de aquellos transcritos que puedan estar controlados por los miARN. Este hecho ha provocado el desarrollo de herramientas para el estudio de la implicación de estos ARN en diferentes procesos biológicos, componentes celulares y vías moleculares. Por ello, el objetivo del presente trabajo fue realizar una comparativa entre diferentes tipos de análisis in silico para la predicción de ARNm diana (TargetScanFish, Diana Tools microT-CDS y miRmap) así como diferentes análisis de enriquecimiento funcional (Panther y g:Profiler). Los miARN seleccionados para la realización del estudio (miR-let-7d, miR-122, miR-141 y miR-200a) fueron caracterizados en dos estudios previos llevados a cabo en dos especies de peces (Danio rerio y Solea senegalensis) como marcadores de éxito reproductivo y su posible relación con el estrés (miR-let-7d). Para la determinación de los programas más fiables de predicción y enriquecimientos descritos, se correlacionaron los resultados obtenidos in silico con parámetros de calidad seminal obtenidos previamente en estos estudios y en bibliografía. El empleo combinado de los tres programas de predicción de dianas y las dos herramientas de enriquecimiento funcional arrojó una mayor información en los estudios in silico complementándose unas y otras técnicas y aportando una mayor correlación con los estudios previos in vitro obtenidos en el laboratorio[EN] The importance of miRNAs in the post-transcriptional regulation of numerous biological processes has triggered the need to develop in silico tools for the prediction of transcripts that may be controlled by miRNAs. This fact has led to the development of tools to study the involvement of these RNAs in different biological processes, cellular components and molecular pathways. Therefore, the aim of the present work was to compare different types of in silico analysis for target mRNA prediction (TargetScanFish, Diana Tools microT-CDS and miRmap) as well as different functional enrichment analyses (Panther and g:Profiler). The miRNAs selected for the study (miR-let-7d, miR-122, miR-141 and miR-200a) were characterised in two previous studies carried out in two fish species (Danio rerio and Solea senegalensis) as markers of reproductive success and their possible relationship with stress (miR-let-7d). To determine the most reliable prediction and enrichment programmes described, the results obtained in silico were correlated with semen quality parameters obtained previously in these studies and in the literature. The combined use of the three target prediction programmes and the two functional enrichment tools yielded more information in in silico studies, complementing each other and providing a better correlation with previous in vitro studies obtained in the laborator
