Syndromic intellectual disability and developmental delay caused by novel de novo truncating variant in AHDC1 gene

Abstract

Introduction: Xia-Gibbs syndrome is a rare genetic disorder with autosomal dominant inheritance caused by heterozygous mutations in AHDC1 gene. This condition is characterized by neurological manifestations that include psychomotor delayed, intellectual disability and corpus callosum hypoplasia with distinct facial features. Case report: We present a 13 years-old female from Colombia, born to non-consanguineous parents. She was diagnosed at age of 2 years for psychomotor and language delay, facial dysmorphic features and sleep apnea with plagiocephaly. She has associated behavioral disorders that include self-harm, poor social interaction with isolation. Results: Chromosome analysis was normal (Kariotyping and CGH-array). WES (Whole Exome Sequencing) was performed at 12 years and revealed a novel heterozygous de novo frameshift variant c.1529delG (p.Gly510Alafs*12) in AHDC1 gene (NM_001029882.3), variant functional prediction software tools Mutation tester, Polyphen-2, and SIFT classified it as a deleterious variant. Discussion: The mutation reported here introduces a stop codon at the amino acid 522 of AHDC1 protein (1603 amino acids). This leads to the loss of one DNA-binding motif and PDZ carboxyl-terminal domain, which could truncate its interaction with other proteins and can be related to the neurobehavioural manifestations in our patient.Introducción: El síndrome de Xia-Gibbs es un trastorno genético raro con herencia autosómica dominante causado por mutaciones heterocigóticas en el gen AHDC1. Esta condición se caracteriza por manifestaciones neurológicas que incluyen retraso psicomotor, discapacidad intelectual e hipoplasia del cuerpo calloso con rasgos faciales distintivos. Caso clínico: Presentamos el caso de una mujer colombiana de 13 años, nacida de padres no consanguíneos. Fue diagnosticada a los 2 años de edad por retraso psicomotor y del lenguaje, rasgos dismórficos faciales y apnea del sueño con plagiocefalia. Tiene trastornos conductuales asociados que incluyen autolesiones, mala interacción social con aislamiento. Resultados: El análisis cromosómico fue normal (Kariotyping y CGH-array). WES (Whole Exome Sequencing) se realizó a los 12 años y reveló una nueva variante heterocigótica de cambio de marco de novo c.1529delG (p.Gly510Alafs*12) en el gen AHDC1 (NM_001029882.3), herramientas de software de predicción funcional variante Probador de mutación, Polyphen-2 , y SIFT lo clasificó como una variante deletérea. Discusión: La mutación reportada aquí introduce un codón de terminación en el aminoácido 522 de la proteína AHDC1 (1603 aminoácidos). Esto conduce a la pérdida de un motivo de unión al ADN y del dominio carboxilo terminal de la PDZ, lo que podría truncar su interacción con otras proteínas y puede estar relacionado con las manifestaciones neuroconductuales de nuestro paciente

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