We performed a comparative analytical study in order to determine the preference it dentists and patients on the clinical use gel with the enzyme papain obtained from Carica pubescens versus conventional rotary method for the removal of tooth decay in children. The research began with pilot-scale production of enzyme gel remover Carica pubescens.To determine the preference of the removal of caries validated questionnaires were applied pretest and posttest to 308 dentists and 308 patients randomly selected children who participated voluntarily, from cities in southern Peru. The dentists were trained in patient selection, the diagnosis of tooth decay, the inclusion and exclusion criteria and clinical application technique of gel. At random was used gel or conventional rotary method at the mouth of a patient with similar clinical features of two oclusal carious lesions and at successive times. Also applied a scale for clinical assessment in determining the effectiveness of the gel by dentists. The results show that dentists and patients prefer the enzyme gel Carica pubescens for the removal of caries, compared to conventional rotary method (p<O.OO1) and rating scale perceived by the dentist is also satisfactory for use clinician. We conclude that Carica pubescens gel can be used in enzymatic removal of tooth decay, with minimal clinical intervation and patient comfort, making a positive psychological impact for the acceptance of dental treatment in children.Se realizó un estudio analítico comparativo con el propósito de determinar la preferencia de los dentistas y los pacientes sobre el uso clínico del gel con enzima papaína obtenida de la Carleo papaya pubescens versus el método rotatorio convencional, para la remoción de caries dental en nulos. La investigación se inició con la producción a escala piloto del gel removedor enzimático de Carica papaya pubescens. Para determinar la preferencia de la remoción de caries se aplicaron cuestionarios validados pretest y postest a 308 dentistas y 308 pacientes niños seleccionados aleatoriamente que participaron voluntariamente, procedentes de ciudades del sur del Perú. Los dentistas fueron instruidos sobre la selección del paciente, el diagnóstico de caries, los criterios de inclusión y exclusión y sobre la técnica de aplicación clínica del gel. Se usó en forma aleatoria el gel o método rotatorio convencional en la boca de un mismo paciente con características clínicas similares en dos lesiones canosas oclusales y en tiempos sucesivos. Además se aplicó una escala de valoración clínica para determinar la eficacia del gel por los dentistas. Los resultados demuestran que los dentistas y los pacientes prefieren el gel enzimático de Carica papaya pubescens para la remoción de caries, en comparación con el método rotatorio convencional (p<O,001) y la escala de valoración percibida por el dentista también es satisfactoria durante su uso clínico. Se concluye que el gel de Canica papaya pubescens puede ser usado en la remoción enzimática de caries, con mínima intervención clínica y máximo confort al paciente, logrando un impacto psicológico positivo para la aceptación al tratamiento dental en los niños