Characterization of carbapenem-resistant isolates from "Enterobacter cloacae" complex from Spanish hospitals between 2018 and 2022

Abstract

47 p.El uso masivo e inadecuado de antibióticos en la práctica clínica durante las últimas décadas ha provocado la aparición y diseminación de bacterias multirresistentes. El desarrollo de resistencias frente a carbapenémicos constituye una grave amenaza, al ser considerados antibióticos de última línea para el tratamiento de infecciones provocadas por bacterias resistentes al resto de betalactámicos. El principal mecanismo de resistencia a estos antibióticos es la producción de carbapenemasas y es especialmente preocupante en enterobacterales, ya que dicho mecanismo se ha distribuido rápidamente a nivel global. Esto se debe principalmente a la capacidad que tienen los genes que codifican carbapenemasas de ser transferidos horizontalmente entre bacterias mediante plásmidos. Esta resistencia también puede deberse a una combinación de expresión de AmpC y/o BLEE junto con una disminución en la expresión de porinas. En el presente estudio se caracterizaron los principales mecanismos de resistencia a carbapenémicos y otros antibióticos en 75 aislados de origen clínico del complejo Enterobacter cloacae, procedentes de diferentes hospitales españoles durante 2018-2022. Mediante secuenciación del genoma completo y análisis filogenético por cgMLST, se caracterizaron genotípicamente los principales clones circulantes a nivel de su estructura poblacional, así como los principales genes de resistencia. La detección de genes que codifican carbapenemasas en numerosos aislados, así como otros genes plasmídicos que confieren resistencia frente a otros antibióticos resulta alarmante, al reducir considerablemente las opciones terapéuticas. VIM-1 y OXA-48 fueron las carbapenemasas más comunes y se detectó la presencia en España de clones internacionales de alto riesgo, como el ST114 y el ST78.The massive and inappropriate use of antibiotics in clinical practice over the last decades has led to the emergence and spread of multidrug-resistant bacteria. The development of resistance to carbapenemsis a serious threat as they are considered last-step antibiotics for treating infections caused by bacteria resistant to other beta-lactams. The main mechanism of resistance to these antibiotics is the production of carbapenemases, and it is particularly concerning in Enterobacteriaceae, as this mechanism has rapidly spread globally. This is mainly due to the ability of carbapenemase-encoding genes to be horizontally transferred between bacteria through plasmids. This resistance can also be due to a combination of AmpC and/or ESBL expression along with a decrease in porin expression. In this study, the main mechanisms of resistance to carbapenems and other antibiotics was characterized in 75 clinical isolates of Enterobacter cloacae complex from different Spanish hospitals recovered during 2018-2022. Genotypic characterization of the major circulating clones and the population structure of carbapenem-resistant strains in Spain was performed using whole-genome sequencing and cgMLST (core genome multilocus sequence typing) analysis. The detection of carbapenemase-encoding genes in numerous isolates, as well as other plasmid borne resistance genes related with resistance to other antibiotics, is deeply alarming as it significantly reduces therapeutic options. VIM-1 and OXA-48 were the most common carbapenemases, and the presence of internationally high-risk clones, such as ST114 and ST78, was detected in Spain.Máster Universitario en Microbiología Aplicada a la Salud Pública e Investigación en Enfermedades Infecciosas (M138

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