Pantai Ulee Lheue merupakan kawasan pantai di Kota Banda Aceh yang dikembangkan untuk wisata. Spesies rumput laut makro alga tersebar luas di Pantai Ulee Lheue namun belum pernah dimanfaatkan. Satu diantara selada laut hijau (sea lettuce) yang melimpah di Pantai Ulee Lheue yaitu Ulva lactuca. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi struktur genetik Ulva lactuca yang berasal dari Pantai Ulee Lheue, Aceh, Indonesia secara molekuler. Metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu skrining morfologi Ulva lactuca yang berpedoman pada literatur jurnal kemudian analisis molekuler ekstraksi DNA genom menggunakan gen primer ITS. Selanjutnya pengujian jarak genetik dengan metode Trichotomy melalui software Treeview X dari analisis statistik GenAlex. Hasil penelitian menunjukkan nilai Fit tidak ada perbedaan yang signifikan dengan Fis. Nilai total migran (Nm) menunjukkan nilai yang berbeda yaitu pada lokus ITS1 0,330 dan ITS 2 yaitu 0,094. Variasi alel lokus ITS dibedakan dengan jelas dari nilai PIC >0,5 artinya memiliki nilai polimorfis yang tinggi. Panjang alel dalam PCR teramplifikasi 300 bp s/d 500 bp. Identifikasi frekuensi statistik gen ITS dari sampel diperoleh pada kedua lokus menunjukkan nilai yang sama (1,000), Fst menunjukkan nilai dalam lokus ITS 1 adalah 0,431, dan ITS 2 0,726. Kekerabatan sangat erat diperoleh dari analisis filogenetik terbagi dalam dua (2) kelompok. Sampel UL8 terpisah dengan sampel UL1, UL2, UL3, UL4, UL5, UL6, UL7, UL9, UL10, UL11, UL12, UL13, UL14 dan UL15. Namun sampel UL10 dan UL14 berada dalam 1 klaster sama dengan sampel UL9 dan UL13. Kekerabatan tersebut kemungkinan dikarenakan spesies Ulva berasal dari pesisir pantai yang sama
