MetaPDOcheese : Cartographie de la diversité microbienne des laits et des fromages AOP français et exploration des déterminants technologiques

Abstract

National audienceLes fromages d'appellation d'origine protégée (AOP) sont généralement considérés comme des produits fermentés non standardisés de haute qualité dont la richesse sensorielle résulte de la diversité des conditions de production et de transformation du lait. Dans cette étude, l’objectif est de caractériser la diversité des communautés microbiennes des fromages et des laits associés, et d’identifier les facteurs de leur structuration en lien avec la biogéographie, la gestion des troupeaux et les pratiques de transformation fromagère. Grâce à la contribution des filières AOP, 1 145 fromages AOP (croûte et cœur) et 370 laits associés ont été échantillonnés couvrant la diversité des 44 fromages AOP affinés français. L’ampleur de l’échantillonnage des laits et des fromages et la caractérisation de leurs communautés bactériennes et fongiques par métagénétique, a permis de générer un grand jeu de données précieux car il est associé à des métadonnées sensibles fournies par les filières portant sur les pratiques de production utilisées pour chaque fromage testé. Au total, 1 230 espèces bactériennes et 1 367 espèces fongiques ont été identifiées dans les échantillons de lait, avec des variations en fonction de l'espèce laitière. Dans les fromages, 820 espèces bactériennes et 333 espèces fongiques ont été identifiées. Le core microbiome du fromage est limité à une espèce fongique (Geotrichum candidum) avec une prévalence de 100 %. Le microbiote du fromage diffère en termes de richesse et de composition entre les sept familles de fromage et au sein des familles, en fonction des labels AOP. Des facteurs structurants secondaires, tels que l'espèce laitière, la zone géographique et les pratiques d'affinage du fromage, ont également été mis en évidence entre les familles de fromages, démontrant une contribution de la biogéographie et du savoir-faire spécifique à l'AOP dans la formation du microbiote du fromage