Geofizičko ispitivanje donjeg dela lokaliteta Prljuša, koji je prekriven debelom naslagom sipara dospelog iz gornjih delova nalazišta, izvedeno je 2012. i 2016. godine. Na osnovu istraživanja metodom sopstvenog potencijala 2012. godine dobijene su izražene anomalijske zone koje ukazuju na prisustvo rudonosnih mineralizacija ispod površine terena. Te indikacije, pored ostalih geoloških tumačenja, najverovatnije ukazuju i na prisustvo ostataka praistorijskih rudarskih radova. Dobijene geofizičke anomalije sopstvenog potencijala su prostorno zaokružene, analizirane i tamo gde je njihov intenzitet bio najizraženiji formirane su lokacije za naredno istraživanje. Na mestima većih anomalijskih zona su 2016. godine izvedena istraživanja metodama refrakcione seizmike na 15 profila i vertikalnog električnog sondiranja na 31 tački. Ovakav metodološki pristup je izabran jer metoda sopstvenog potencijala ne daje dubinu do uzročnika anomalija nego samo njegovu projekciju na površinu terena. Metodom refrakcione seizmike moguće je definisati geološku građu ispod površine terena, tj. odvajanje siparskog nanosa od čvršće podloge i dubine do čvrste stene, kao i detektovanje mogućeg prisustva više različitih slojeva siparskog materijala. Metodom vertikalnog električnog sondiranja definisana je debljina nanosa i određena dubina do čvrste podloge
