Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie
Abstract
The bacterium Xanthomonas campestris pathovar campestris (Xcc) as the causal agent of black rot of cruciferous plants causes considerable losses in agricultural yield all over the world. The control of black rot is difficult as well as the determination of Xccon the basis of morphological parameters or by pathogenicity testing. Ten different possibilities for extraction bacterial DNA followed by PCR detection method were tested to optimize PCR protocol. On the basis of ISTA validated method, three sets of primers UBP 1052F-BACR, DLH 120-125 and ZUP 2309-2310 were used. The results of measured concentration and quality of DNA and efficacy for PCR amplification were compared. Finally, three approaches for DNA extraction within Xanthomonas campestris pv. campestris detection protocol were recommended – commercial kits used for isolation from tissues by Macherey-Nagel and MO BIO and kit intended for microbial cultures by MO BIO.Bakteria Xanthomonas campestris pathovar campestris (Xcc) jako przyczyna czarnej zgnilizny roślin z rodziny krzyżowych powoduje znaczne straty w plonie rolniczym na całym świecie. Zwalczanie czarnej zgnilizny, a także określenie Xcc na podstawie parametrów morfologicznych lub za pomocą testów patogeniczności jest trudne. W celu zoptymalizowania protokołu PCR przetestowano dziesięć różnych możliwości ekstrakcji DNA, a następnie metodę PCR. Na podstawie walidowanej metody ISTA za-stosowano trzy zestawy primerów, mianowicie UBP 1052F-BACR, DLH 120-125 i ZUP 2309-2310. Porównano wyniki zmierzonego stężenia i jakości DNA oraz skuteczności dla amplifikacji PCR. Zalecono trzy sposoby ekstrakcji DNA w ramach protokołu detekcji Xanthomonas campestris pv. Campestris: zestaw komercyjny używany do izolacji z tkanek według Macherey-Nagel, MO BIO oraz zestaw dla hodowli mikrobowych według MO BIO
