Protozoa usus merupakan parasit yang dapat menyebabkan masalah kesehatan seperti diare, nyeri perut, mual, muntah bahkan sampai menyebabkan kematian jika tidak ditangani dengan baik. Peningkatan kejadian infeksi protozoa usus berhubungan dengan status imunitas seseorang yang rendah khususnya penderita HIV. Hal ini berkaitan dengan infeksi protozoa usus oportunistik seperti Cryptosporidium spp. dan Cyclospora spp. Identifikasi struktur protozoa usus memerlukan pemeriksaan mikroskopis feses melalui metode pewarnaan. Pewarnaan Trichrome menjadi sangat penting untuk diagnosa infeksi protozoa usus namun prosedur pewarnaan Trichrome cukup kompleks dan memakan waktu yang lama sehingga diperlukan metode pewarnaan yang mudah dilakukan, murah dan accessible. Tujuan penelitian ini adalah untuk menguji tingkat sensitivitas dan spesifisitas pewarnaan Giemsa dibandingkan dengan pewarnaan Trichrome dalam mendeteksi infeksi protozoa usus pada orang yang normal (asimtomatis) dan penderita HIV. Metode penelitian yang digunakan adalah obervasional analitik untuk mengetahui sensitivitas dan spesifisitas pewarnaan Giemsa dibandingkan pewarnaan Trichrome dengan desain studi cross sectional. Pengambilan sampel diambil sesuai kriteria inklusi yaitu sukarelawan sehat, pasien HIV dalam terapi dan pasien HIV naif yang berobat ke RSUD dr. Saiful Anwar Malang dengan total keseluruhan sampel sebanyak 85. Data hasil deteksi protozoa usus diperoleh dari pemeriksaan secara mikroskopis metode pewarnaan Giemsa dan Trichrome. Uji sensitivitas dan spesifisitas pewarnaan Giemsa dilakukan menggunakan tabel 2x2 lalu dibandingkan dengan pewarnaan Trichrome (gold standard). Hasil pada penelitian ini menunjukkan adanya perbedaan nilai sensitivitas dan spesifisitas antara pewarnaan Giemsa dengan pewarnaan Trichrome. Pada pewarnaan Giemsa memiliki sensitivitas 30,25% dan spesifisitas 64,28% jika dibandingkan dengan Trichrome. Selain itu didapatkan adanya hubungan yang signifikan antara status HIV dengan kejadian infeksi protozoa usus yang ditunjukkan dengan odds ratio lebih dari 1 yaitu 1,35 pada pewarnaan Giemsa dan 3,12 pada pewarnaan Trichrome