O objetivo deste trabalho é analisar as interações entre governo, universidade e indústria, hélices que compõem o modelo Triple Helix, a partir do processo de implantação de um programa governamental de apoio à inovação no Brasil. Para tanto, foi realizada uma pesquisa qualitativa exploratória junto a cinco Núcleos de Apoio à Gestão de Inovação (Nagis), que são projetos financiados através de apoio do governo federal, com intuito de incentivar a inovação nas empresas do país. Os dados foram coletados por meio de documentos e entrevistas com os gestores dos núcleos, com o uso de um roteiro semiestruturado quanto à sua operacionalização (estrutura de funcionamento, metodologia desenvolvida e experiência de aplicação dessa metodologia). Com base nos resultados obtidos foi possível identificar a trajetória dos Nagis, suas metodologias e as dificuldades encontradas no processo de implantação. A partir daí foi realizada uma análise a respeito do papel do relacionamento das hélices que compõem o modelo Triple Helix e que fundamentaram o projeto de criação dos Nagis. Como principal conclusão, identificou-se que a sinergia entre governo, universidade e indústria é limitada, o que não permite avanços mais relevantes no programa. As evidências apontam para uma necessidade de reestruturação do papel de cada “hélice” objetivando mudanças nas relações bilaterais. As empresas precisam ser sensibilizadas de forma mais enfática sobre a importância da inovação, e adotarem postura mais proativa frente a isso. Recomenda-se à academia a adoção de uma postura mais empreendedora e ao governo, por sua vez, a assunção de uma postura não só de financiador, mas também de orientador e facilitador das atividades de inovação.The aim of this study is to analyze interactions among government, universities and enterprises, components of Triple helix model, considering the implementation process of governmental program to encourage innovation in Brazil. To do so, we conducted a qualitative exploratory research within five Centers of Support for Innovation Management (Núcleos de Apoio à Gestão de Inovação – Nagis), which are projects financed through support from federal government, in order to strengthen innovation in enterprises of the country. We analyzed the trajectory of these Nagis, their methodology and their difficulties during the implantation of each center. The source of data was documents and interviews with Nagis’s managers, using a script about the operationalization of the project (structure, methodology of innovation management and the experience with this methodology). Then, we analyzed the role of the relationship of the component in the Triple Helix model and the development of Nagis. As a main conclusion, we identified that the synergy between government, university and industry spheres is limited, which does not allow more relevant advances of this program. The evidences indicate the need to restructure the role of each "helix", aiming at changes in bilateral relations. Companies have the urge to be more emphatically warned about the importance of innovation and to adopt a more proactive strategy. We recommend the academy to adopt a more entrepreneurial stance, and the government to take a position not only as a financier, but as a coordinator and a facilitator of the innovative activities