Potensi 1,8-Cineol, Terpineol, Guaiol, Linalol, α-eudesmol, β-selinenol dan γ-eudesmol Melaleuca leucadendron L. Terhadap Non Structural Protein 3 Dan 5 SARS-COV-2 Secara In silico

Abstract

Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) disebabkan oleh virus yang dapat mengancam kematian dan kesakitan di seluruh dunia, termasuk Indonesia. SARS-COV-2 tersusun atas Non Structural Protein (NSP) yang dikodekan oleh dua poliprotein besar, yaitu pp1a dan pp1ab. Kedua poliprotein tersebut dibelah oleh dua protease, salah satunya NSP3 dan NSP5 yang merupakan komponen penting dalam replikasi virus yang membantu pelepasan protein esensial virus atau multiplikasi virus. Mengingat replikasi virus penting untuk aktivitas antivirus, maka senyawa yang dapat menghambat proses replikasi ini berpeluang untuk dikembangkan sebagai antivirus. Hal tersebut membuat peneliti meningkatkan penggunaan senyawa dari bahan herbal sebagai alternatif yang berefek pada SARS-COV-2, salah satunya Melaleuca leucadendron L. Data variabel bebas dalam penelitian ini, yaitu senyawa Melaleuca leucadendron L. yang didapatkan dari PubChem. Sedangkan struktur makromolekul dari variabel terikat, yaitu NSP3 dengan data bank protein code (PDB) 7CJM dan NSP5 dengan data bank protein code (PDB) 6WNP. Komponen yang mempengaruhi fungsi dari ikatan enzim dengan senyawa adalah binding affinity yang didapatkan melalui proses docking. Selain itu pengujian kelayakan obat dari senyawa aktif Melaleuca leucadendron L. juga dilakukan untuk memastikan senyawa ini aman untuk dikonsumsi kedepannya. Uji kelayakan tersebut meliputi uji fisikokimia untuk menilai prediksi kemampuan menembus sawar darah otak, serta menilai kemampuan bioavaibilitas oral dengan uji Lipinski rule of five. Dan juga melakukan prediksi toksisitas pada senyawa meliputi LD50, sitotoksik, hepatotoksik dan sensitivitas pada kulit. Hasil dari prediksi fisikokimia dari senyawa Melaleuca leucadendron L. yaitu telah memenuhi hukum 5 Lipinski sehingga dapat diprediksi bahwa senyawa uji dapat diabsorbsi dengan baik, mempunyai permeabilitas yang baik, dan mempunyai bioavaibilitas oral baik. Dilakukan juga prediksi sifat fisikokimia terhadap obat pembanding (remdesivir), didapatkan bahwa remdesivir tidak memenuhi Hukum 5 Lipinski sehingga diperkirakan tidak memiliki bioavaibilitas oral yang baik. Kemudian pada prediksi toksisitas senyawa 1,8-cineole, terpineol, linalol, guaiol, α-eudesmol, β-selinenol dan γ-eudesmol tergolong kelas toksisitas 5 (2000 < LD50 ≤ 5000) dimana menurut klasifikasi GHS tergolong obat yang toksisitasnya rendah, tidak toksik terhadap hepar, tidak menimbulkan toksisitas pada bakteri, namun memiliki sensitivitas terhadap kulit sehingga bila dikasifikasikan berdasarkan tingkat toksisitas oleh GHS, termasuk dalam kategori toksisitas yang rendah dengan tanpa simbol namun perlu dicantumkan peringatan keamanan dalam pelabelannya. Selanjutnya, berdasarkan analisis bioinformatika, potensi tertinggi sebagai antivirus terhadap 7JCM adalah linalol dengan energi ikat (-76,0293 kkal/mol), x kemudian terhadap 6WNP adalah terpineol dengan energi ikat (-119,743 kkal/mol). Hal tersebut menandakan bahwa bila total energi ikatan semakin rendah, maka ikatan semakin konstan (stabil) yang dapat menunjukan aktivitas senyawa tersebut semakin besar. Selanjutnya dilakukan analisis asam amino. Pada asam amino yang mempunyai kesamaan dengan ligand native dan remdesivir adalah senyawa terpienol. Bila interaksi reseptor 7CJM, terpineol memiliki kemiripan residu Tyr 264, Gln 269, Asn 164 dengan ligand native dan remdesivir. Kemudian interaksi pada reseptor 6WNP, terpineol mempunyai kesamaan residu Cys 145, Glu 166 dan Gly 143. Hal tersebut menandakan bahwa kemiripan residu asam amino yang sama memiliki kesamaan dengan pembanding sehingga dapat menghasilkan efek serupa sebagai inhibitor pada NSP3 dan NSP5 pada SARS-COV-2. Namun temuan ini harus divalidasi secara vitro dan in vivo