The upper Lerma River is the most economically important basin of Mexico because it is the region where 80 % of the commercial activity of the country takes place, with 3500 industries, 750,000 Ha of irrigated land and 14 cities with populations over 100,000 inhabitants. Despite this relevance, little or no waste water treatment is done in the basin, which results in high contamination levels. The present paper deals with the taxonomy and ecology of epilithic diatoms collected at 11 sites in the basin in the dry and post-rainy seasons of the 2003-2005 period. This is the first study in an environmental direction of the diatoms of the upper Lerma River basin and the information generated will be used to propose, in the short-term, a Lerma River diatom index (IDL), supporting water quality monitoring programs. 178 taxa were recognized, of which 112 taxa (63%) were cosmopolitan or widely distributed. The genera with most species were Nitzschia (34), Navicula (19), Gomphonema (15), and Pinnularia (11). The dominant species in the studied locations and study period were Eolimna subminuscula (Manguin) Moser, Lange-Bertalot et Metzeltin, Gomphonema parvulum (Kützing) Kützing, Navicula veneta Kützing, Nitzschia capitellata Hustedt, N. sublinearis Hustedt, N. umbonata (Ehrenberg) Lange-Bertalot and Sellaphora pupula (Kützing) Mereschkowsky, which are characterized as tolerant to α-mesosaprobic to polysaprobic conditions, and to high nitrogen content. Trends in distribution of diatom species in the sampling sites were explained by variations in environmental parameters such as depth, conductivity, pH, temperature, and total dissolved solids.La cuenca alta del río Lerma es la más importante de México desde el punto de vista económico, ya que en ella ocurren el 80 % de las actividades comerciales del país, con 3500 industrias diversas, 750,000 hectáreas de tierras de riego y 14 ciudades con poblaciones de más de 100,000 habitantes. El escaso o nulo tratamiento de las aguas residuales, trae como consecuencia una elevada contaminación. Este trabajo abordó el estudio taxonómico y ecológico de diatomeas epilíticas colectadas en 11 localidades de ésta cuenca, entre los años 2003-2005. Se trata del primer estudio con una orientación ambiental que se realiza sobre diatomeas de la cuenca alta de este río, y la información generada permitirá proponer en el corto plazo un índice diatomológico para el Río Lerma (IDL), que posibilite emprender programas de monitoreo de la calidad del agua. Se reconocieron 178 especies, de las cuales 112 taxones (63 %) fueron de amplia distribución. Los géneros con mayor número de especies fueron Nitzschia (34), Navicula (19), Gomphonema (15) y Pinnularia (11). Las especies dominantes en las localidades de estudio y en las épocas de recolecta fueron Eolimna subminuscula (Manguin) Moser, Lange-Bertalot et Metzeltin, Gomphonema parvulum (Kützing) Kützing, Navicula veneta Kützing, Nitzschia capitellata Hustedt, N. sublinearis Hustedt, N. umbonata (Ehrenberg) Lange-Bertalot y Sellaphora pupula (Kützing) Mereschkowsky, que se caracterizan por ser tolerantes a condiciones α-mesosapróbicas a polisapróbicas con alto contenido de nitrógeno. La distribución de las especies de diatomeas fueron explicadas por las variaciones en parámetros como profundidad, conductividad, pH, temperatura y sólidos disueltos totales.Fil: Garcia Segura, Virginia. Universidad Michoacana de San Nicolas de Hidalgo; MéxicoFil: Cantoral Uriza, Enrique A.. Universidad Nacional Autonoma de Mexico. Facultad de Ciencias; MéxicoFil: Israde, Isabel. Universidad Michoacana de San Nicolas de Hidalgo; MéxicoFil: Maidana, Nora Irene. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin