Evaluation of real time PCR in the diagnosis of bovine leukemia virus in a local breeds from Panama

Abstract

The objective of this work was to evaluate the RT-PCR test, to detect the bovine enzootic leukosis virus and compare them with the nPCR and AGID tests in 42 animals of the Guaymi breed from 5 regions of Panama. The AGID test identified the lowest number of positive animals (52%) compared to nPCR (71%) and real-time PCR, RT-PCR (76%). Four animals positive to the AGID test were negative to the nPCR and two animals positive to this same test were negative to RT-PCR. 11 of the 20 AGID negative animals tested positive for nPCR and 12 of the 20 AGID negative animals tested positive for RT-PCR. Regarding molecular tests, of the 12 animals that were negative for the nPCR, five were positive for RT-PCR and 10 animals negative for RT-PCR, 3 were positive for nPCR. The sensitivity of nPCR to AGID was 82% while the specificity was 40%; the concordance test between nPCR and AGID was k = 0.316, considered weak while the sensitivity of RT-PCR with AGID was 91% with a specificity of 40%; the concordance test between the two tests was k = 0.222 also considered weak. The RT-PCR technique is presented as a viable alternative within the group of techniques for the diagnosis of bovine enzootic leukosis virus, particularly in an eventual control program and its eradication in conservation centers of Creole races where it is required to maintain a strict control of animal health.El objetivo de este trabajo fue evaluar la prueba de RT-PCR, para detectar el virus de leucosis enzoótica bovina y compararlas con las pruebas de nPCR y AGID en 42 animales de la raza Guaymí de 5 regiones de Panamá. La prueba de AGID identificó el menor número de animales positivos (52%) comparada con la nPCR (71%) y PCR en tiempo real, RT-PCR (76%). Cuatro animales positivos a la prueba de AGID fueron negativos a la prueba de nPCR y dos animales positivos a esta misma prueba fueron negativos a la RT-PCR. 11 de los 20 animales negativos por AGID dieron positivo a nPCR y 12 de los 20 animales negativos a AGID fueron positivos a RT-PCR. Respecto a las pruebas moleculares, de los 12 animales que resultaron negativos a la prueba de nPCR, cinco resultaron positivos a la RT-PCR y de los 10 animales negativos a RT-PCR, 3 resultaron positivos a nPCR. La sensibilidad del nPCR respecto a AGID fue de 82% mientras que la especificidad fue de 40%. La prueba de concordancia entre pruebas fue de k= 0.316, considerada débil mientras que la sensibilidad del RT-PCR respecto a la AGID fue de 91% con una especificidad de 40%; la prueba de concordancia entre ambas pruebas fue de k=0.222 considerada también débil. La técnica de RT-PCR se presenta como una alternativa viable dentro del grupo de técnicas para el diagnóstico del virus de la leucosis enzoótica bovina, particularmente en un eventual programa de control y su erradicación en centros de conservación de razas criollas donde se requiere mantener un estricto control de la salud animal