Determinasi Urutan Nukleotida pada Plasmid Mitokondria Paramecium Caudatum Stok Gt704

Abstract

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan urutan nukleotida dari DNAplasmid pada mitokondria dalam P. caudatum stok GT704 dalam rangkamengidentifikasi produk-produk gen potensial dan juga yang bertanggung jawabdalam pemeliharaan DNA itu sendiri di dalam mitokondria. Metoda yangdigunakan dalam penelitian ini adalah isolasi DNA, cloning dan sekuensing dandiikuti dengan analisis urutan-urutan nukleotida yang didapat denganmenggunakan program yang tersedia secara on line di internet. Dimer-dimerditemukan mudah berdisosiasi menjadi monomer apabila diperlakukan dalamkondisi panas dengan kekuatan ion yang rendah. Dimer-dimer tersebut dapatdistabilkan dengan cara ligasi. Hasil ini menunjukkan bahwa masing-masingmonomer mempunyai suatu ujung lengket sticky yang komplementer antaramonomer-monomer yang sejenis sehingga dapat membentuk dimmer, denganmeninggalkan suatu nick yang dapat diligasi dengan menggunakan ligase.Urutan-urutan nukleotida dari beberapa DNA plasmid tersebut telah ditentukansecara acak. Hasil analisis urutan-urutan nukleotida memperlihatkan bahwa DNAdimer mempunyai 2 ORF yang mengkode RNA polimerase putatif. Diasumsikanbahwa asal mula DNA plasmid ini adalah elemen yang dapat berpindah atausemacam virus lainnya karena urutan-urutan nukleotida dari motif EVI-1 ectopicviral integration site-1 ditemukan. Diasumsikan juga bahwa DNA plasmid ini dapatberintegrasi ke mtDNA karena mempunyai urutan-urutan nukleotida yanghomolog dengan mtDNA dari beberapa siliata