Penelitian berjudul Inovasi Madrasah Melalui Penyelenggaraan Madrasah Riset (Studi Kasus di MAN 1 Jembrana Bali) dilatarbelakangi oleh adanya kebijakan Kementerian Agama Suryadarma Ali tahun 2013 tentang Program Madrasah Riset. Namun ternyata kebijakan ini tidak dibarengi dengan kebijakan lain yang mendukungnya seperti penyusunan pedoman pelaksanaan sebagai acuan penyelenggaraan, kebijakan penganggaran, penyediaan/pembinaan ketenagaan, maupun penyediaan sarana prasarana yang memadai. Hal ini kemudian menimbulkan persoalan bagi madrasah-madrasah yang mulai melakukan rintisan penyelenggaraan madrasah riset, sehingga dalam penyelenggaraannya tidak dapat dilakukan secara maksimal. Penelitian ini bertujuan untuk melihat bagaimana penyelenggaraan madrasah riset di MAN 1 Jembrana dilihat dari beberapa komponen seperti sarana prasarana, ketenagaan, pembiayaan, kurikulum dan kebijakan kepala madrasah dalam penyelenggaraan. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif, dengan pendekatan fenomenologis dan sosio historis. Pengumpulan data dilakukan melalui in-depth interview, participatory observation, dan document studies. Hasil penelitian menunjukkan bahwa rintisan penyelenggaraan madrasah riset di MAN 1 Jembrana sudah dilaksanakan dengan serius, namun kegiatan riset belum berjalan maksimal karena masih adanya beberapa kendala seperti belum tersedia anggaran khusus riset dari DIPA, belum tersedia ruang khusus riset, belum tersedia tenaga pembimbing riset, terbatasnya tenaga laboran, dan belum adanya juklak/juknis sebagai pedoman penyelenggaraan