Objetivo: descrever a prevalência de vaginose bacteriana e fatores associados em mulheres que fazem sexo com mulheres. Método: trata-se de estudo transversal, descritivo e analítico com 150 mulheres. O padrão de microbiota vaginal foi analisado por microscopia do conteúdo vaginal corado pelo método de Gram. Amostras de secreção endocervical foram coletadas com cytobrush para a pesquisa de endocervicites por Chlamydia trachomatis e para infecção por Papilomavírus Humano por meio de reação em cadeia da polimerase. Dados sociodemográficos, de comportamento sexual e de história clínica foram obtidos por entrevista. Regressão logística foi realizada para identificar fatores de risco independentemente associados à vaginose bacteriana. Resultados: dentre as 150 participantes, 71 (47,3%) tinham alguma alteração da microbiota vaginal, 54 (36,0%) vaginose bacteriana e 12 (8,0%) Flora II. A variável independentemente associada com vaginose bacteriana foi o uso de acessórios sexuais [2,37(1,13-4,97), p=0,022]. Conclusão: a elevada prevalência de vaginose bacteriana entre mulheres que fazem sexo com mulheres aponta a necessidade de rastreio nessa população. O uso de acessórios sexuais associado a esse agravo sugere a possibilidade de transmissão de fluidos sexuais entre as parceiras durante o ato sexual, o que demonstra necessidade de ações de educação em saúde sexual e reprodutiva.Objective: to describe the prevalence of bacterial vaginosis and factors associated among women who have sex with women. Method: cross-sectional, descriptive and analytical study with 150 women. The vaginal microbiota profile was analyzed by microscopic examination of vaginal swabs according to the Gram method. Endocervical samples were collected with cytobrush for the investigation of endocervicitis by Chlamydia trachomatis. The polymerase chain reaction was used to diagnosis Human Papillomavirus infection. Socio-demographic data, sexual behavior and clinical history were obtained through an interview. Logistic regression was performed to identify risk factors independently associated with bacterial vaginosis. Results: among the 150 participants, 71 (47.3%) presented some alteration in the vaginal microbiota, 54 (36.0%) bacterial vaginosis and 12 (8.0%) Flora II. The variable independently associated with bacterial vaginosis was the use of sexual accessories [2.37(1.13-4.97), p=0.022]. Conclusion: the high prevalence of bacterial vaginosis among women who have sex with women indicates the need for screening this population and association between use of sexual accessories and this disease suggests the possibility of transmission of sexual fluids between the partners during the sexual act, which demonstrates the need for educational actions on sexual and reproductive health.Objetivo: describir la prevalencia de la vaginosis bacteriana y los factores asociados en mujeres que tienen sexo con mujeres. Método: se trata de un estudio transversal, descriptivo y analítico realizado entre 150 mujeres. El patrón de microbiota vaginal se analizó por microscopía del contenido vaginal teñido por el método de Gram. Se recolectaron muestras de secreción endocervical con un citocepillo para investigar la endocervicitis por Chlamydia trachomatis y la infección por el Virus del Papiloma Humano mediante la reacción en cadena de la polimerasa. De la entrevista se obtuvieron datos sociodemográficos, de comportamiento sexual y del historial clínico. Se llevó a cabo una regresión logística para identificar factores de riesgo asociados independientemente a la vaginosis bacteriana. Resultados: entre las 150 participantes, el 71 (47,3%) tenía alteración de la microbiota vaginal, el 54 (36,0%), vaginosis bacteriana y el 12 (8,0%), Flora II. La variable asociada independientemente a la vaginosis bacteriana se debió al uso de accesorios sexuales [2,37(1,13-4,97), p=0,022]. Conclusión: la prevalencia elevada de vaginosis bacteriana entre mujeres que tienen sexo con mujeres señala la necesidad de estudiar dicha población, y el uso de accesorios sexuales asociado a este agravante sugiere la posibilidad de transmisión de fluidos sexuales entre las compañeras durante el acto sexual, razón por la cual deben llevarse a cabo acciones de educación en salud sexual y reproductiva