Analysis of the CHD gene in birds as a molecular marker for sex determination

Abstract

Одређивање пола код птица је изузетно тешко, првенствено због чињенице да је преко 50% врста мономорфно. Пре дефинисања молекуларно генетичких метода, за детерминацију пола код птица користиле су се многе традиционалне методе чија је главна карактеристика, а уједно и највећа мана – непоузданост. Резултати који се добијају применом различитих метода морају бити пре свега поуздани, а анализе економичне, брзе и безбедне. Висококонзервисани CHD ген је откривен 1995. године на W хромозому птица, док је на Z хромозому откривен 1997. године. Постојање разлике у дужини интрона између Z и W хромозома омогућава разликовање полова након PCR рeaкциje. У раду су као узорци коришћени перје, крв, брис усне дупље, фецес и пaрaфински ткивни исeчци различитих ткива. Поређена је успешност реакција у зависности од тога који је узорак коришћен, као и успешност реакција када се користила обична полимераза и полимераза специјално дизајнирана да буде отпорна на инхибиторе PCR реакције. Кoришћeњeм PCR тeхникe и сета прајмера 2550F/2718R испитана је могућност примене CHD гена као молекуларног маркера за одређивање пола код 550 јединки пореклом од 83 врста птица широко дистрибуираних дуж филогенетског стабла...Sex determination in birds is extremely difficult, primarily due to the fact that more than 50% of bird species are monomorphic. Many traditional methods that have been used before defining molecular genetics methods have their biggest lack as their main characteristic – the unreliability. The results obtained using different methods should be primarily reliable and analysis should be fast, secure and cost-effective. Highly conserved CHD gene has been discovered in 1995 on the W chromosome, and in 1997 on the Z chromosome. The difference in the intron length between the two chromosomes allows sex determination after the PCR reaction. Blood, feathers, buccal swabs, faeces and formalin fixed paraffin embedded tissue samples were used for analysis. We compared the success of the reaction depending on which sample was used, also we compared the success of the reactions when used ordinary polymerases and polymerase designed to be resistant to PCR inhibitors. Using PCR and set of primers 2550F/2718R we have examined the possibility of using CHD gene as molecular markers for sex determination of 550 individuals originating from 83 species of birds widely distributed along the phylogenetic tree. Sex was successfully determined in 74 bird species. In 26 of those it was carried out for the first time using molecular markers and PCR..