Εισαγωγή: Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι οι Α1 και Β είναι οι επικρατέστεροι HIV-1 υπότυποι στην Ελλάδα, και παρουσιάζουν το μεγαλύτερο ποσοστό τοπικής διασποράς σε σχέση με άλλους υπότυπους και ανασυνδυασμένους τύπους του ιού.
Σκοπός: Η διερεύνηση του τρόπου διασποράς των υπότυπων Α1 και Β στην Ελλάδα, η εύρεση όλων των τοπικών δικτύων μετάδοσης τους (επιμέρους επιδημίες), και η εκτίμηση των παραγόντων που σχετίζονται με την τοπική διασπορά του ιού, χρησιμοποιώντας μεθόδους μοριακής επιδημιολογίας.
Υλικό: Μελετήθηκαν 1.230 αλληλουχίες υπότυπου Α1 και 2.156 υπότυπου Β με δειγματοληψία το διάστημα 1996-06/2015 στη Νότια Ελλάδα.
Μέθοδοι: Τα φυλογενετικά δέντρα εκτιμήθηκαν με τη μέθοδο μέγιστης πιθανοφάνειας και ανάλυση bootstrap. Η ανάλυση επαναλήφθηκε 5 φορές για κάθε υπότυπο χρησιμοποιώντας κάθε φορά ένα τυχαία επιλεγμένο δείγμα αλληλουχιών αναφοράς με παγκόσμια δειγματοληψία μεγέθους 1.500 αλληλουχιών για τον Α1 και 2.000 για τον Β, αντίστοιχα. Η τοπική διασπορά του ιού (ποσοστό μονοφυλετικότητας) εκτιμήθηκε υπολογίζοντας το πηλίκο του αριθμού των αλληλουχιών σε φυλογενετικές ομάδες με δειγματοληψία >70% από Ελλάδα και του συνόλου των διαθέσιμων αλληλουχιών από Ελλάδα, ανά υπότυπο. Η στατιστική ανάλυση πραγματοποιήθηκε με τη μέθοδο της λογιστικής παλινδρόμησης.
Αποτελέσματα: Για τον υπότυπο Α1 βρέθηκαν 23 τοπικά δίκτυα μετάδοσης με εύρος από 2 έως 1.059 αλληλουχίες, ενώ για τον Β βρέθηκαν 133 τοπικά δίκτυα με εύρος από 2 έως 157 αλληλουχίες. Τα ποσοστά μονοφυλετικότητας των Α1 και Β ήταν 91,46% (Ν=1.125) και 72,82% (Ν=1.570), αντίστοιχα. Tο 86,1% (Ν=1.059) των Α1 αλληλουχιών σχημάτισε μια μονοφυλετική ομάδα (τοπικό δίκτυο μετάδοσης). Οι HIV(+) με Α1 των οποίων οι αλληλουχίες εντοπίστηκαν εκτός δικτύων μετάδοσης (Ν=105) ήταν, κυρίως, ετεροφυλόφιλοι (Ν=54; 51,4%), μη-Ελληνικής εθνικότητας (Ν=45; 42,9%). H ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης έδειξε ότι η τοπική διασπορά του υπότυπου Α1 σχετίζεται με άνδρες (OR=1,8; p=0.034), MSM (OR=7,2; p<0.001), Ελληνικής εθνικότητας (OR=7,2; p<0.001), ενώ του Β με δειγματοληψία το διάστημα 2011-2015 (OR=7,21; p<0.001).
Συμπεράσματα: H επιδημία του υπότυπου Α1 παρουσιάζει υψηλότερα επίπεδα τοπικής διασποράς σε σχέση με του Β. Οι HIV(+) με Α1 για τους οποίους δεν παρατηρήθηκε τοπική διασπορά είναι κυρίως ετεροφυλόφιλοι μη-Ελληνικής εθνικότητας, γεγονός που υποδεικνύει ότι αυτή η ομάδα πληθυσμού που έχει μολυνθεί με στελέχη Α1 με γεωγραφική προέλευση εκτός Ελλάδας, δεν σχετίζεται με περαιτέρω διασπορά και συνεπώς δημιουργία τοπικών επιδημιών.Introduction: Previous studies have shown that HIV-1 subtypes A1 and B are the predominant clades in Greece.
Aim: To investigate the patters of subtypes A1 and B dispersal in Greece, to identify the proportion of infections occurred locally, and to estimate the factors that are associated with local transmissions, using molecular epidemiology methods.
Material: We studied 1,230 A1 and 2,156 B sequences isolated from HIV-1 diagnosed patients during 1996-06/2015 in Greece. Sequences were available in the protease (PR) and partial reverse transcriptase (RT) regions.
Methods: Maximum-likelihood (ML) phylogeny reconstruction with bootstrap evaluation was conducted in RAxML8, using GTR+G as nucleotide substitution model. Phylogenetic analysis was performed separately on the 1,230 A1 and 2,156 B sequences from Greece along with a random set of globally sampled sequences (A1: N=1,500; B: N=2,000), used as references. Phylogenetic analysis was performed for each subtype in five replicates, using a different reference dataset each time. Local transmission networks (LTNs) were defined as phylogenetic clusters including sequences from Greece at proportions >70% (geographic criterion), found in all five replicates (phylogenetic confidence). Local dispersal was estimated by dividing the number of sequences found within LTNs with the total number of sequences sampled in Greece for each subtype. The statistical analysis was carried out using multivariate logistic regression models. Presence in LTNs was the binary outcome variable, while age, period of sampling, risk group, nationality and gender were chosen as possible explanatory variables.
Results: Phylogenetic analysis revealed that 91.5% (1,125 out of 1,230) of the A1 sequences sampled in Greece formed 23 LTNs. The size of the LTNs ranged between 2 and 1,059 sequences. The 86.1% of the A1 sequences fell within a single LTN consisted of 1,059 sequences. The rest of the A1 sequences (N=105, 8.5%) clustered at different points in the ML tree. The majority of the unclustered sequences had been isolated mainly from heterosexuals with non-Greek nationality. Phylogenetic analysis also revealed that 72.8% (1,570 out of 2,156) of the B sequences sampled in Greece formed 133 LTNs, with a range of 2 to 157 sequences. Multivariate logistic regression analysis showed that gender (male; OR=1.8; p=0.034), risk group (MSM; OR=7.2; p<0.001) and nationality (Greek; OR=7.2; p<0.001) were associated with regional clustering of subtype A1, while period of sampling (2011-2015; OR=7.21; p<0.001) with local transmissions of subtype B.
62
Conclusions: Our analysis suggests considerable differences in the levels of regional clustering of HIV-1 subtype A1 and B in Greece. For subtype A1 we found a lower number of introductions than for subtype B. This probably due to that subtype B is more frequently found in developed countries, suggesting that cross-border transmissions are more likely than non-B clades. It was also shown that the majority of A1 unclustered sequences had been isolated mainly from heterosexuals with non-Greek nationality. This finding suggests that this population group was infected with A1 strains with non-Greek origin and it is not related to further dispersal. Moreover, we found that local dispersal of subtype B transmissions is mostly associated with recent diagnosis
