Objetivo. Estimar la prevalencia de infección por el virus del papiloma humano (VPH) en estudiantes universitarios y utilizar dicha frecuencia como un marcador biológico para evaluar el comportamiento sexual. Material y métodos. Se realizó un estudio transversal, en estudiantes de la Universidad Autónoma del estado de Morelos, México, durante el periodo 2000-2001. Se aplicó un cuestionario y se colectaron muestras genitales para detectar ADN de los VPH oncogénicos. Los datos se analizaron utilizando pruebas de Ji cuadrada y razones de momios. Resultados. La prevalencia global del VPH en 194 estudiantes fue de 14.4%. Las mujeres con dos o más parejas sexuales durante el último año presentaron mayor riesgo de infección por el VPH (RM 6.0 IC 1.7-21.1), al igual que las que utilizaron anticonceptivos hormonales y espermicidas en su última relación sexual (RM 3.0 IC 1.0-8.7). Los hombres que consumieron cocaína tuvieron más riesgo de infección por el VPH (RM 7.6 IC 1.3-45.1). Conclusiones. La prevalencia del VPH es relativamente alta. La utilización del VPH como un marcador biológico de comportamientos sexuales en mujeres es pertinente; en hombres, es necesario ampliar la muestra