Lapväärtin-Isojoen taimenkannat ovat monien muiden vesistöjemme tapaan kärsineet lukuisista ihmistoiminnan aiheuttamista ongelmista, kuten uomien perkauksista, vaellusesteistä, veden laadun heikkenemisestä, kiintoainekuormituksesta sekä voimakkaasta kalastuksesta. Isojoen taimenkantoja on ylläpidetty pitkään lähinnä tuki-istutusten avulla, mutta viime vuosina taimenkantojen hoidon keinovalikoima on monipuolistunut. Keskiöön ovat nousseet kalastuksen säätely, vaellusyhteyksien avaaminen sekä elinympäristökunnostukset.
Isojoen taimenkannat vaikuttavat reagoivan positiivisesti toteutettuihin hoitotoimenpiteisiin. Pitkäaikaisissa sähkökalastuksissa on havaittu taimenen jokipoikastuotannon kasvaneen selvästi vesistön eri osissa. Isojoen keski- ja yläjuoksulla kesänvanhojen (0+) taimenenpoikasten tiheydet ovat viime vuosina lähestyneet ja monin paikoin jo saavuttaneet asetetun hyvän tilan raja-arvon (25 poikasta/100 m2). Positiivista kehitystä poikastuotannossa on tapahtunut myös Isojoen alajuoksulla, vaikka alueen elinympäristöjen laatu on taimenelle heikohko. Parhaimmat ja paikoin erittäin suuret poikastiheydet on viime vuosina havaittu Isojoen sivujoissa, erityisesti Kari-Metsäjoessa ja Heikkilänjoessa.
Vuosina 2019–2021 toteutetuissa Isojoen vaelluspoikasseurannoissa saatiin vuosittaisiksi tuotantoarvioiksi 3500–7300 luonnonvaraista taimenen vaelluspoikasta. Määrä on suurempi kuin mitä on aiemmin arvioitu ja se antaa viitteitä taimenkannan tilan parantumisesta. Toisaalta aiempaa luotettavaa vertailutietoa Isojoen vaelluspoikastuotannosta kehittymisestä pitkällä aikavälillä ei kuitenkaan ole.
Taimenen luonnontuotannon positiivinen kehittyminen mahdollistaa kannanhoidollisista tuki-istutuksista luopumisen Isojoen taimenkantojen hoidossa. Resurssit kannattaa sitä vastoin suunnata taimenen luonnontuotannon vahvistamiseen ja laajentamiseen. Siinä keskiössä on riittävän laaja-alainen (joki, meri) ja kantojen tilaan mitoitettu kalastuksen säätely. Taimenkantojen elinmahdollisuuksia voidaan lisäksi edelleen parantaa lisääntymis- ja poikastuotantoalueiden kunnostuksilla sekä veden laadun ja riittävyyden parantamiseen tähtäävillä toimilla. Myös taimenen vaellusyhteyksissä on edelleen puutteita, esimerkiksi Peruskosken ja muutaman muun padon osalta.
Isojoen taimenkantojen edelleen elpyessä kalastuksen säätelyä voidaan tulevaisuudessa löysätä ja sallia myös luonnonvaraisten taimenien kohtuullinen kalastus. Isojoen vesistöllä on potentiaalia nousta yhdeksi maamme laadukkaimmaksi luonnonvaraisen taimenen kalastuskohteeksi
