Karakteristik Molekuler Segmen L Virus Seoul (SEOV) dari Rattus Norvegicus Asal Semarang, Jawa Tengah

Abstract

Seoul virus (SEOV) is one of four hantaviruses causing haemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS). The virus was a negative single-strand RNA genome that consists of three segments, S, M, and L. The aim of study was to characterize L segment Seoul virus of R. norvegicus from Semarang and it can be used as biological material such as vaccine development or diagnostic material. The sample of study was RNA Seoul virus isolate of R. norvegicus lung tissue from Semarang. Amplification L segment was used by nested PCR. Data analysis used GenBank database and phylogenetic tree was constructed using Mega 6 software. The result showed the homology of isolate from Semarang and GenBank nucleotide level ranged from 93.1 to 97.1% and amino acid level ranged from 98,1 to 100%. Analysis of phylogenetic showed Seoul virus from Semarang closer to Seoul virus from France and Jakarta. The conclution of this research was the character of L segment Seoul virus from Semarang has more in common with the Seoul virus from French and JakartaKeywords : Seoul virus, L segment, SemarangAbstrakVirus Seoul adalah satu satu dari empat spesies Hantavirus penyebab Haemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS). Virus Seoul merupakan virus RNA negatif rantai tunggal, terdiri dari tiga segmen gen yaitu S, M, dan L. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi segmen L virus Seoul dari R. norvegicus asal Semarang. Diharapkan isolat virus yang telah terkarakterisasi dapat dijadikan sebagai bahan biologik, baik untuk pengembangan vaksin maupun untuk bahan diagnostik. Sampel penelitian yang digunakan adalah RNA virus Seoul yang diisolasi dari jaringan paru R. norvegicus asal Semarang. Amplifikasi segmen L virus Seoul dilakukan dengan nested-PCR. Analisis menggunakan data pembanding dari GenBank. Pohon filogenetik disusun menggunakan program Mega 6. Hasil penelitian menunjukkan homologi antara virus Seoul asal Semarang dengan sekuen asal GenBank ditingkat nukleotida berkisar antara 93.1 97.1% dan ditingkat asam amino 98,1 100%. Homologi tertinggi ditingkat nukleotida (97,1%) dengan sekuen virus Seoul asal Perancis. Hasil analisis filogenetik menunjukkan Virus Seoul asal Semarang lebih dekat dengan virus Seoul asal Perancis dan Jakarta. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa karakter segmen L virus Seoul asal Semarang mempunyai lebih banyak kesamaan dengan virus Seoul asal Perancis dan Jakarta.Kata kunci : Virus Seoul, Segmen L, Semaran