Usporedna procjena različitih postupaka lančane reakcije polimerazom uz prethodnu reverznu transkripciju za dokaz gena F i N virusa kuge malih preživača u kliničkim uzorcima.

Abstract

In the present study the diagnostic value of different sets of F and N gene based primers currently used for diagnosis of Peste des petits ruminants (PPR) by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) were assessed by comparing it with Sandwich ELISA (S-ELISA). A total of five primer pairs, consisting of two pairs (F1/F2 and Fb1/Fb2) amplifying two different regions of F gene and three pairs amplifying different regions of N gene (NP3/NP4, pprn_fr2/pprn_rev and N1/N2) were compared on 10 clinical samples (4 blood, 4 nasal swabs and 2 tissue samples) collected from animals suspected for PPR. The primer sets NP3/NP4 detected highest number of positive samples 6 out of 10 followed by N1/N2 (5/10). Both F-gene based primers (F1/ F2 and Fb1/Fb2) detected 3 out of 10 samples as positive. Whereas the primer pair pprn_fr2/pprn_rev did not yield the desired amplicon in any of the samples tested. The maximum sensitivity and specififi city of 100% was observed by NP3 and NP4 primer based RT-PCR whereas, 0% sensitivity was recorded by pprn_fr2/pprn_rev which fail to detect any positive sample. The overall agreement of 100% with kappa value 1.00 was highest between S-ELISA and NP3 and NP4 primer based RT-PCR suggesting an almost perfect agreement, followed by N1/N2, having kappa value of 0.800, suggesting a substantial agreement. Results thus obtained in the present study, suggest that F-gene primers based RT-PCR can be easily replaced by highly sensitive and specific N-gene primers based RT-PCR for detection of PPR virus nucleic acid.Istražena je dijagnostička vrijednost različitih početnica za gene F i N koje se sada rabe za dijagnosticiranje kuge malih preživača lančanom reakcijom polimerazom uz prethodnu reverznu transkripciju u usporedbi sa sendvič imunoenzimnim testom (S-ELISA). Testirano je ukupno pet parova početnica: dva para (F1/F2 i Fb1/Fb2) specifična za različita područja gena F i tri para specifična za različita područja gena N (NP3/NP4, pprn_fr2/pprn_rev i N1/N2). Njihova vrijednost bila je uspoređena pretragom 10 kliničkih uzoraka (četiri uzorka krvi, četiri uzorka nosnog obriska i dva uzorka tkiva) uzetih od životinja pod sumnjom na kugu malih preživača. Uporabom početnica NP3/NP4 dokazan je najveći broj pozitivnih uzoraka (6/10), a potom početnicom N1/N2 (5/10). Objema početnicama za gen F (F1/F2 i Fb1/Fb2) dokazana su tri pozitivna uzorka (3/10). Par početnice pprn_fr2/pprn_rev nije dao željeni umnožak (amplikon) ni u jednom pretraženom uzorku. Osjetljivost i specifičnost od 100% dokazana je za početnice NP3 i NP4, dok pprn_fr2/pprn_rev nisu pokazale nikakvu reakciju te njihovom upotrebom nije dokazan nijedan pozitivan uzorak. Podudarnost od 100% s kappa vrijednošću 1,00 bila je najveća između S-ELISA-e te RT-lančane reakcije polimerazom upotrebom početnica NP3 i NP4 što govori o posvemašnjoj podudarnosti, dok je na drugom mjestu po podudarnosti bila početnica N1/N2 s kappa vrijednošću od 0,800. Rezultati pokazuju da se RT-lančana reakcije polimerazom upotrebom početnica za gen F može zamijeniti vrlo osjetljivom i specifičnom reakcijom uz upotrebu početnica za gen N za dokazivanje nukleinske kiseline virusa kuge malih preživača