In Croatia, the Balkan loach, Cobitis elongata inhabits the Sava River basin. We found significant morphological differences between specimens inhabiting the Kupa River and those from its right tributary the Petrinjčica River. Results of ANOVA analysis were statistically significant for 17 measurements and all statistically significant parameters were considerably higher at the Petrinjčica River sites. These differences are probably caused by the spatial isolation of these two populations due to artificial and natural barriers on the Petrinjčica River and different ecological features of habitats in the Kupa and the Petrinjčica River.U Hrvatskoj balkanski vijun Cobitis elongata naseljava sliv rijeke Save. Pronašli smo signifikantne morfološke razlike između primjeraka prikupljenih u rijeci Kupi i njenoj pritoci rijeci Petrinjčici. Rezultati ANOVA analize su statistički signifikantni za 17 mjera i svi statistički signifikantni parametri su značajno viši kod rijeke Petrinjčice. Razlike su vjerojatno uzrokovane izolacijom između tih dviju populacija uvjetovane umjetnim i prirodnim barijerama na rijeci Petrinjčici ali i različitim ekološkim značajkama staništa u rijekama Kupi i Petrinjčici
