Theoretical Characterization of Pentacovalent Oxyphosphorane Intermediate Structures of the Hydrolysis of RNA catalyzed by RNase A

Abstract

266 p. : il. graf.En el presente proyecto hacemos uso de métodos teóricos para el análisis y caracterización de los mecanismos de reacción de hidrólisis del enlace fosfodiester en moléculas de ARN, y así mismo, el análisis del proceso catalítico llevado a cabo por la enzima RNasa A. Utilizando bien métodos clásicos o métodos híbridos QM/MM caracterizamos las estructuras intermedias formadas en la reacción de hidrólisis del ARN catalizada por la RNasa A, los oxifosforanos pentacovalentes. Analizamos el estado de protonación de estos intermedios, y como varían sus interacciones con el entorno y el disolvente dependiendo de la protonación. Además tomando varias coordenadas de reacción, analizamos diferentes perfiles energéticos de este proceso catalítico y analizamos diferentes mecanismos propuestos en la formación de los intermedios oxifosforanos pentacovalentes.This research was funded by the Spanish Ministerio de Ciencia e Innovación (grant BES2005-6803). Technical and human support provided by IZO-SGI SGIker (UPV/EHU, MICINN, GV/EJ, ESF) and the Minnesota Supercompunting Insitute for Advanced Computational Research (MSI