Penelitian mengenai eksistensi Bacillariophyceae dan Chlorophyceae dilakukan di Perairan Sei Timun, Kelurahan Air Raja, Kecamatan Tanjungpinang Timur, Kota Tanjungpinang, Kepulauan Riau. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui Eksistensi Bacillariophyceae dan Chlorophyceae di Perairan Sei Timun. Penelitian ini dilakukan dengan metode Random Sampling sebanyak 30 titik pengamatan di Perairan Sei Timun. Analisis data fitoplankton menggunakan indeks similaritas Bray-Curtis. Analisis kualitas air menggunakan indeks similaritas Canberra. Hasil penelitian menunjukan kelimpahan rata-rata fitoplantkon di Perairan Sei Timun mencapai 21299,4 sel/L. Kelimpahan rata-rata tertinggi pada kelas Bacillariophyceae yaitu genera Pleurosigma sp. sebesar 1701,4 sel/L dan kelimpahan rata-rata terendah yaitu pada genera Rhizoselenia sp. sebesar 799,1 sel/L, sedangkan kelimpahan rata-rata tertinggi pada kelas Chlorophyceae yaitu pada genera Mougeotia sp. sebesar 4276,6 sel/L dan kelimpahan rata-rata terendah yaitu pada genera Micrasterias sp. sebesar 302,2 sel/L. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa keberadaan fitoplankton kelas Bacillariophyceae sebanyak 4 genera dan Chlorophyceae sebanyak 8 genera di Perairan Sei Timun