Bats are reservoirs of diverse coronaviruses (CoVs), including progenitors of severe acute respiratory syndrome CoV (SARS-CoV) and SARS-CoV-2. In the Americas, there is a contrast between alphacoronaviruses (alphaCoVs) and betaCoVs: while cospeciation prevails in the latter, alphaCoV evolution is dominated by deep and recent host switches. AlphaCoV lineages are maintained by two different bat family groups, Phyllostomidae and Vespertilionidae plus Molossidae. In this study, we used a Bayesian framework to analyze the process of diversification of the lineages maintained by Molossidae and Vespertilionidae, adding novel CoV sequences from Argentina. We provide evidence that the observed CoV diversity in these two bat families is shaped by their geographic distribution and that CoVs exhibit clustering at the level of bat genera. We discuss the causes of the cocirculation of two independent clades in Molossus and Tadarida as well as the role of Myotis as the ancestral host and a major evolutionary reservoir of alphaCoVs across the continent. Although more CoV sampling efforts are needed, these findings contribute to a better knowledge of the diversity of alphaCoVs and the links between bat host species.Fil: Caraballo, Diego Alfredo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; ArgentinaFil: Sabio, Maria Soledad. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Colombo, Valeria Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Piccirilli, María Guadalupe. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Vico, Lorena. No especifíca;Fil: Hirmas Riade, Stella Maris. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Campos, Josefina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Martínez, Gustavo. No especifíca;Fil: Beltrán, Fernando. Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Instituto de Zoonosis Luis Pasteur; ArgentinaFil: Baumeister, Elsa. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Cisterna, Daniel Marcelo. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; Argentin
