Indonesia merupakan negara dengan tingkat keanekaragaman tumbuhan yang tinggi (mega biodiversity). Tetapi, setiap tahunnya tumbuhan di Indonesia mulai mengalami kelangkaan dan terancam punah. Menurunnya jumlah spesies tumbuhan langka disebabkan oleh beberapa faktor seperti hilangnya habitat dan terjadi ketidakstabilan genom pada tumbuhan langka sehingga tumbuhan tersebut tidak mampu beradaptasi dengan lingkungannya. Tumbuhan langka di Indonesia masih banyak yang belum teridentifikasi, sehingga diperlukan suatu teknik untuk mengidentifikasi dan menentukan status kelangkaan tumbuhan secara cepat. Salah satu teknik identifikasi spesies yang dapat dilakukan secara cepat adalah analisis DNA Barcode. Tujuan penelitian ini untuk mendapatkan primer deteksi kelangkaan tumbuhan menggunakan penanda rbcL dengan analisis DNA Barcode. Penelitian ini dilakukan secara in silico, menggunakan data sekunder berupa 50 sekuen DNA tumbuhan langka berdasarkan penanda rbcL dari Genbank NCBI. Selanjutnya membuat fasta format, pensejajaran sekuen, perolehan sekuen konsensus, desain primer, dan uji coba primer dengan in silico PCR terhadap seluruh sampel tumbuhan langka. Penelitian ini berhasil mendapatkan sepasang primer tumbuhan langka berdasarkan penanda rbcL, yaitu F1_174-196 (forward) dan R2_656-678 (reverse). Berdasarkan hasil uji coba, dapat diketahui bahwa sepasang primer tersebut dapat mengamplifikasi spesies tumbuhan langka dengan persentase keberhasilan sebesar 78%. Primer ini nantinya dapat digunakan untuk mengetahui status kelangkaan tumbuhan dengan cepat dan menjadi salah satu upaya dalam konservasi tumbuhan langka yang terancam punah di Indonesia
