Molecular characteristics of Tomato mosaic virus infecting tomato in Uganda

Abstract

Viral diseases are part of the limiting factors to tomato ( Solanum lycopersicum L.) cultivation worldwide, reducing both the quality and quantity of yield. Tomato mosaic virus (ToMV) is one of the damaging viruses of tomato. This paper describes molecular characteristics of the full length genome of ToMV isolated from tomato in Uganda (ToMV-Ug). The genomic, ribonucleic acid (RNA), of this isolate is 6383 nucleotides (nts) in length, encoding four open reading frames (ORFs). Based on the homology with other ToMV strains, the 5\u2019 proximal 130 kilo dalton (kDa) ORF and its read-through product (180 kDa) are expected to encode two proteins required for viral genome replication; while the 30 kDa middle ORF and the 17.5 kDa 3\u2019 proximal ORF are expected to encode the movement protein (MP) and coat protein (CP), respectively. The 5\u2019- and 3\u2019- untranslated regions (UTRs) are 71 and 201 nts, respectively. Comparison with previously published ToMV sequences showed that ToMV-Ug is 99% identical to ToMV strains from Africa (Egypt and Zimbabwe), as well as diverse locations such as China, Australia, Germany and Japan; suggesting high levels of sequence conservation within this virus. This is the first report detailing molecular analysis of a ToMV isolate from Uganda and the Eastern and Central Africa regions.Les maladies virales font partie des facteurs limitant la production mondiale de la tomate ( Solanum lycopersicum L.), r\ue9duisant \ue0 la fois la quantit\ue9 et la qualit\ue9 du rendement. Le virus de la mosa\uefque de la tomate (ToMV) est l\u2019un des virus endommageant la tomate. Ce papier d\ue9crit les caract\ue9ristiques mol\ue9culaires de la longueur du g\ue9nome de l\u2019isolat ToMV de la tomate en Ouganda (ToMV-Ug). L\u2019acide g\ue9nomique, ribonucl\ue9ique (ARN), de l\u2019isolat a une longueur de 6383 nucl\ue9otides (nts), codant quatre cadres de lecture ouverts (ORFs). Sur la base de l\u2019homologie avec les autres souches de ToMV, le proximal 5\u2019 de 130 kilo dalton (kDa) de l\u2019ORF et sa lecture \ue0 travers le produit (180 kDa) sont esp\ue9r\ue9s coder pour deux prot\ue9ines n\ue9cessaires \ue0 la r\ue9plication du g\ue9nome viral\ua0; alors que les 30 kDa du ORF moyen et les 17,5 kDa du proximal 3\u2019 du ORF sont esp\ue9r\ue9s coder pour le mouvement de la prot\ue9ine (MP) et la prot\ue9ine de l\u2019enveloppe (CP), respectivement. Les r\ue9gions non traduites du 5\u2019 et 3\u2019 (UTRs) sont de 71 et 201 nts, respectivement. La comparaison avec les s\ue9quences (ToMV) pr\ue9c\ue9demment publi\ue9es a montr\ue9 que ToMV-Ug est \ue0 99% identique aux souches ToM de l\u2019Afrique (Egypte et Zimbabw\ue9), ainsi que diverses localit\ue9s telles que la Chine, l\u2019Australie, la Germanie et le Japon\ua0; sugg\ue9rant de hauts niveaux de s\ue9quence de conservation dans ce virus. Ceci est le premier rapport d\ue9taillant l\u2019analyse mol\ue9culaire d\u2019un isolat ToMV d\u2019Ouganda et les r\ue9gions Est et Centre de l\u2019Afrique