Electropherotypes and Subgroups of Group A Rotaviruses Circulating among Diarrhoeic Children in Kano, Nigeria

Abstract

Background: It is estimated that about 600\u2009000 children die annually as a result of severe dehydrating diarrhea caused by rotaviruses. The virus is a double stranded RNA (dsRNA) virus with 11 segments. Group A rotaviruses show a characteristic 4-2-3-2 pattern following electrophoresis. The VP6 subgroups, I and II exist. This work was carried out to study the prevalence of rotavirus infection among children 0-5 years with diarrhea in Kano, and to determine the circulating subgroups and electropherotypes and of the rotavirus isolates. Methods: Two hundred and eighteen stool specimens from children 0-60 months (198 diarrheic and 20 non-diarrheic) were collected from different hospitals and health care centers in Kano and subjected to group A rotavirus enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) to determine presence of group A rotavirus, subgroup ELISA to determine the VP6 subgroups and polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) to determine the electropherotypes present. Results: The long electropherotypes (47.05%) of four variations dominated over the short electropherotype (17.64%). About 11.76% of the isolates were of mixed infection. Dominance of subgroup II (45%) over subgroup I (25%), and the presence of both subgroups I and II (10%) and neither subgroup I nor II (15%) was observed in this study. Conclusion: Information on the genomic diversity of the RNA electropherotypes in this region, Kano, is reported in this study.Fond: On l'estime qu'environ 600.000 enfants meurent annuellement en raison de la diarrh\ue9e de d\ue9shydratation grave provoqu\ue9e par des rotaviruses. Le virus est un virus bicat\ue9naire d'ARN (dsRNA) avec 11 segments. Groupez l'exposition de rotaviruses d'A un mod\ue8le 4-2-3-2 caract\ue9ristique apr\ue8s l'\ue9lectrophor\ue8se. Les sous-groupes VP6, l'I et l'II existent. Ces travaux ont \ue9t\ue9 men\ue9s \ue0 bien pour \ue9tudier la pr\ue9dominance de l'infection de rotavirus parmi des enfants 0-5 ans avec la diarrh\ue9e dans Kano, et pour d\ue9terminer les sous-groupes et les electropherotypes de circulation et des isolats de rotavirus. M\ue9thodes: Deux cents et dix-huit sp\ue9cimens de selles des enfants 0-60 mois (198 diarrhoeic et 20 non-diarrhoeic) ont \ue9t\ue9 rassembl\ue9s de diff\ue9rents h\uf4pitaux et centres de sant\ue9 dans Kano et soumis au groupe que l'enzyme de rotavirus d'A a li\ue9 l'analyse d'immunosorbant (ELISA) pour d\ue9terminer la pr\ue9sence du rotavirus du groupe A, ELISA de sous-groupe pour d\ue9terminer les sous-groupes VP6 et l'\ue9lectrophor\ue8se de gel de polyacrylamide (PAGE) pour d\ue9terminer les electropherotypes actuels. R\ue9sultats: Les longs electropherotypes (47.05%) de quatre variations ont domin\ue9 sur l'electropherotype court (17.64%). Environ 11.76% des isolats \ue9taient de l'infection m\ue9lang\ue9e. On n'a observ\ue9 la dominance du sous-groupe d'exc\ue9dent du sous-groupe II (45%) I (25%), et la pr\ue9sence des deux sous-groupes I et II (10%) et ni sous-groupe I ni II (15%) dans cette \ue9tude. Conclusion: L'information sur la diversit\ue9 genomic des electropherotypes d'ARN dans cette r\ue9gion, Kano, est rapport\ue9e dans cette \ue9tude