Streptococcus pneumoniae (neumococo) es el principal responsable de neumonía bacteriana adquirida en comunidad. Su principal factor de virulencia es el polisacárido capsular (CPS), dividiéndolo en, al menos, 101 serotipos. Entre un 5–10% de adultos y un 20–40% de niños, están colonizados por este patógeno, siendo este estado de portador en la nasofaringe, un prerrequisito para la posterior diseminación a vías estériles y producir enfermedad neumocócica invasiva (ENI). La ENI es prevenible por vacunación, en la actualidad se usan en España dos vacunas: la vacuna conjugada13-valente (VCN13) y la vacuna polisacarídica 23-valente (VPN23). Desde la introducción de las vacunas conjugadas se ha observado un fenómeno denominado reemplazo de serotipos. Staphylococcus aureus, es otro patógeno relevante responsable de un rango amplio de infecciones, desde menos graves como la foliculitis hasta infecciones invasivas graves como la endocarditis. S. aureus posee un gran arsenal de factores de virulencia como el CPS, presente en más del 90% de los aislados clínicos. Su principal relevancia clínica reside en su resistencia a antibióticos, especialmente S. aureus resistente a meticilina (SARM). S. aureus coloniza hasta el 80% de individuos..
