Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis ektoparasit dan mengetahui prevalensi, intensitas, dan dominansi dari ektoparasit yang ditemukan pada kedua strain di UPT BPBAT Dinas Perikanan dan Peternakan Kabupaten Banyumas. Penelitian menggunakan metode eksplorasi observatif. Sampel ikan nila dari kedua strain diambil untuk pengamatan parasit pada permukaan tubuh dan insang serta pengukuran karakter Truss Morfometrik. Jumlah sampel ikan yang digunakan yaitu 90 ekor untuk pengamatan ektoparasit dan 20 ekor untuk pengukuran Truss Morfometrik. Ukuran ikan yang dipakai berkisar antara 2,4-7 cm. Jenis ektoparasit yang ditemukan pada ikan nila strain Gesit adalah Trichodina sp, Monogenea, Chilodonella sp, dan Ichtyopthirius sp. Jenis ektoparasit yang ditemukan pada ikan nila strain Sultana adalah Trichodina sp dan Monogenea. Nilai prevalensi pada ikan nila strain Gesit berkisar 0-84,72% dan pada ikan nila strain Sultana berkisar 0-65,87%. Nilai Intensitas pada ikan nila strain Gesit berkisar 0-14,33 ind/ekor dan pada ikan nila strain Sultana berkisar 0-1,25 ind/ekor. Nilai dominansi ektoparasit tertinggi pada kedua strain yaitu Trichodina sp pada permukaan tubuh dan Monogenea pada insang. Hasil Truss Morfometrik menunjukkan tidak ada perbedaan pada karakteristik dari kedua strain. Kualitas air pada kolam masih sesuai untuk budidaya
