El objetivo de la tesis fue evaluar la presencia de Aflatoxinas y Ocratoxina A (OTA) en plantas medicinales de mercados populares y establecimientos comerciales del distrito de Cercado de Lima (Peru) en el año 2016. El tipo de investigación fue descriptivo y retrospectivo, con un diseño no experimental y transversal. Como materiales y métodos, se colectaron plantas medicinales consumidas como infusión en mercados populares y tiendas comerciales de la ciudad de Lima. Se clasificaron las muestras como de procedencia tradicional e industrial y fueron trituradas, homogenizadas y sometidas a un proceso de extracción con metanol 70% antes de ser analizadas con los kits respectivos para cada una de las micotoxinas. Los resultados mostraron presencia de Aflatoxinas y OTA en todas las muestras analizadas. El nivel más alto de aflatoxinas (12.2 ppb) se encontró en muestras tradicionales de “manayupa” y el nivel más bajo (0.600 ppb) en muestras industriales dela misma planta. Así mismo, se encontró mayor dispersión en los resultados encontrados en “manayupa”, lo cual puede ser atribuido al origen diverso y a sus condiciones de cosecha, almacenamiento y expendio. La “cola de caballo” mostró un alto nivel de contaminación con OTA en muestras tradicionales, la cual estuvo en el orden de 13.833 ppb. Se concluyó que en el 71.4% de los casos, los niveles de aflatoxinas fueron superiores en plantas de procedencia tradicional que en las de procedencia industrial y se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre los niveles de contaminación de las plantas medicinales de procedencia tradicional e industrial, sugiriéndose la realización de futuros estudios de detección de micotoxinas y la implementación de estándares nacionales