La oca (Oxalis tuberosa) es un cultivo sub utilizado, su tubérculo presenta una excelente fuente alimenticia y nutricional. A la fecha sirve como dieta alimenticia del agricultor peruano. Es una especie octaploide cuyo origen se data en la zona altoandina, con una alta diversidad morfológica, genética y una estructura genética que a la fecha no ha sido cuantificado, por lo que el presente trabajo intenta explicar estas variables a través de la caracterización morfológica en los tubérculos, genética con la caracterización de cuatro combinaciones de AFLPs, así también relacionar los caracteres morfológicos, genéticos y geográficos. Se recolecto 187 accesiones provenientes de Amazonas (7), Ancash (42), Arequipa (10) Cajamarca (29), Lima (7), La Libertad (24), Moquegua (13), Puno (44) y Tacna (11). A nivel morfológico se identificó 68 morfotipos a partir de los 7 descriptores de tubérculos propuestos por el IPGRI, Ancash presenta una mayor morfotipos (24), Puno (18), Cajamarca (14), La Libertad (12), Arequipa y Lima (7), Moquegua y Tacna (6) y Amazonas (4). Los análisis a través de AFLP con cuatro combinaciones de iniciadores generó 112 bandas polimórficas, los cuales permitieron identificar 106 genotipos. Existe un mayor agrupamiento por sectores (norte centro y sur) que por su localidad. La variabilidad genética observada se debe principalmente a la variación que existe dentro de las accesiones por departamento que entre departamentos. El análisis de correlación de matrices (Mantel) presenta una mayor correlación genética- geográfica en comparación a la genética- morfológico (0.431 y 0.02 respectivamente). El índice de estructura genética (Fst) permitió identificar las accesiones cuyos departamentos se encuentran bajo un proceso de aislamiento genético como son Amazonas, Tacna, Cajamarca, Moquega y Puno, mientras que La Libertad, Lima y Ancash presentan una baja estructuración genética