Simulation of the spatial structure and cellular organization evolution of cell aggregates arranged in various simple geometries, using a kinetic monte carlo method applied to a lattice model

Abstract

ilustraciones, graficasEsta tesis trata los modelos de morfogénesis, en particular los modelos de evolución guiada por contacto que son coherentes con la hipótesis de la adhesión diferencial. Se presenta una revisión de algunos modelos, sus principios biológicos subyacentes, la relevancia y aplicaciones en el marco de la bioimpresión, la ingeniería de tejidos y la bioconvergencia. Luego, se presentan los detalles de los modelos basados en métodos de Monte Carlo para profundizar más adelante en el modelo basados en algoritmos Kinetic Monte Carlo (KMC) , más específicamente, se describe en detalle un modelo KMC de autoaprendizaje (SL-KMC). Se presenta y explica la estructura algorítmica del código implementado, se evalúa el rendimiento del modelo y se compara con un modelo KMC tradicional. Finalmente, se realizan los procesos de calibración y validación, se observó que el modelo es capaz de replicar la evolución del sistema multicelular cuando las condiciones de energía interfacial del sistema simulado son similares a las del sistema de calibraciones. (Texto tomado de la fuente)This thesis treats the models for morphogenesis, in particular the contact-guided evolution models that are coherent with the differential adhesion hypothesis. A review of some models, their biological underpinning principles, the relevance and applications in the framework of bioprinting, tissue engineering and bioconvergence are presented. Then the details for the Monte Carlo methods-based models are presented to later deep dive into the Kinetic Monte Carlo (KMC) based model, and more specifically a Self-Learning KMC (SL-KMC) model is described to detail. The algorithmic structure of the implemented code is presented and explained, the model performance is assessed and compared with a traditional KMC model. Finally, the calibration and validation processes have been carried out, it was observed that the model is able to replicate the multicellular system evolution when the interfacial energy conditions of the simulated system are similar to those of the calibrations system.MaestríaMagíster en Ingeniería - Ingeniería Químic