Puyuh (coturnix-coturnix japonica) adalah salah satu habitat utama bakteri Shigella sp. yang menyebabkan terjadinya shigellosis. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengidentifikasi Shigella sp. yang terdapat pada kloaka puyuh. Penelitian ini dilakukan berdasarkan cross sectional study yang dikerjakan sesuai SNI 01-2336-1991. Koleksi sampel diambil dari 15 ekor puyuh dengan gejala diare, dehidrasi, anoreksia, puyuh yang tampak kurus dan lemas serta suka mengisolasi diri di sudut kandang. Data hasil penelitian kemudian dianalisis secara deskriptif yang ditampilkan dalam bentuk gambar dan juga tabel. Hasil penelitian diperoleh 6 sampel yang menunjukkan positif Shigella sp. (39,6%) dan 7 sampel menunjukkan negatif Shigella sp. (59,4%). Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa hasil isolasi dan identifikasi Shigella sp. pada kloaka puyuh (Coturnix-coturnix japonica) ditemukan Shigella flexneri (3 sampel), Shigella dysenteriae (1 sampel) dan Shigella sonnei (2 sampel) dan sebanyak 39,6% diare pada puyuh disebabkan oleh Shigella sp. Kata kunci : Foodborne disease, Shigella sp., shigellosis, puyuh (Coturnix-coturnix japonica