令和元年度 京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告

宮崎, うらら

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Kyoto University Research Information Repository

Titleメタゲノムを利用したNCLDVの新規補助代謝遺伝子の探索Author(s)宮崎, うららCitation京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム研究成果報告書 (2020), 2019: 26-26Issue Date2020-03URL http://hdl.handle.net/2433/251106RightType ArticleTextversionpublisherKyoto University令和 元年度  京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書  メタゲノムを利用した NCLDV の新規補助代謝遺伝子の探索 Metagenome analysis to discover novel auxiliary metabolic genes in NCLDVs  京都大学化学研究所 化学生命科学研究領域 宮崎 うらら  研究成果概要 本研究では、核細胞質性大型 DNAウイルス（NCLDV）と宿主の相互作用に関する新たな知見を得るために、NCLDV の補助代謝遺伝子（AMG）を探索した。環境ゲノムデータとして、Tara Oceansのメタゲノムデータを元に Tom Delmont氏（Genoscope）が復元した冗長性のないウイルス再構築ゲノム（MAG）を用いた。まず、GeneMark を用いてNCLDVの MAG にコードされた遺伝子を予測し、RPS-BLAST/CDD でそれらの機能ドメインをアノテーションした。リファレンスとして、ゲノムネットの Virus-Host DB からダウンロードした培養ウイルスゲノムから検出される個々の機能ドメインの頻度を調べ比較した。その結果、MAG がコードする 18 万を超える遺伝子のうち、4,815 個の遺伝子にウイルスの遺伝子としてはこれまでに報告されていない機能ドメインが存在していることがわかった。これらの新規ウイルス AMG候補には、翻訳や光合成、細胞骨格に関わる遺伝子の相同配列が含まれた。本研究では、これら遺伝子の細胞内での役割やウイルス感染過程における機能を考察した。さらに、新規ウイルス遺伝子の代謝経路と既知ウイルス遺伝子の代謝経路を比較するとともに、ウイルス遺伝子の発見された代謝系の傾向を調べることで、ウイルス感染が宿主代謝系に総合的に与えうる影響についても示唆を得た。   発表論文（謝辞あり） 発表論文（謝辞なし） なし  26

Metagenome analysis to discover novel auxiliary metabolic genes in NCLDVs

https://repository.kulib.kyoto-u.ac.jp/dspace/bitstream/2433/251106/1/scr_2020_26.pdf

Metagenome analysis to discover novel auxiliary metabolic genes in NCLDVs

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