Det ble i 2009 gjennomført undersøkelser på bløtbunn med SPI kamera og rammeundersøkelser i fjæra i Ytre Oslofjord. Generelt var bunnforholdene i de åpne delene av fjorden meget gode eller gode (tilstandsklasse I og II) og det er liten variasjon mellom årene 2007 til 2009 på de fleste stasjoner. Større problemområder er Drammensfjorden, Horten havn, Tønsberg, Frierfjorden og Iddefjorden. Til sammen ble det registrert 50 taksa av alger og 39 taksa av dyr på de 10 fjærestasjonene som ble undersøkt i 2009. I Larviksfjorden var det fattig med både alger og dyr, og det var her de største grønnalgeforekomstene ble registrert. Stasjonene i ytre Drammensfjord, i Larviksfjorden og i Løperen har lav saltholdighet i overflaten og det er sannsynligvis derfor de har få dyretaksa i det øvre nivåe
