La estimulación eléctrica funcional (FES) es una herramienta comúnmente utilizada para la rehabilitación de pacientes que sufren parálisis motora en sus extremidades tras un ictus o una lesión medular. La FES se puede integrar en interfaces cerebro computador (BCI) para facilitar el movimiento de miembros paralizados en estos pacientes. Este tipo de terapia ha mostrado resultados rehabilitadores muy prometedores. Se ha demostrado que la neurorrehabilitación es más efectiva cuando la FES es controlada en tiempo real mediante el electroencefalograma (EEG). Los impulsos eferentes desde el cerebro junto con los impulsos aferentes desde los nervios periféricos favorecen la plasticidad de los circuitos neuronales. Una importante limitación de este tipo de sistemas que combinan EEG y FES es la contaminación que se genera en el EEG durante la aplicación de la estimulación y que enmascara la señal cerebral de interés. En este estudio se propone una metodología para minimizar esta contaminación causada por la FES y se implementa un pipeline de procesamiento que puede ser usado para controlar la estimulación eléctrica funcional en la extremidad superior mediante el EEG en tiempo real. El método propuesto se ha validado en un estudio con 30 participantes sanos para tres tecnologías diferentes de adquisición de señal (EEG seco, EEG basado en agua y EEG textil). Los resultados muestran que, con la metodología desarrollada, es factible eliminar casi en su totalidad el artefacto de estimulación en el EEG, lo que permitiría integrar el control en tiempo real de la estimulación FES mediante actividad cerebral.<br /