Hiltunen, Lea

Kelloniemi, Jani

Valkonen, Jari

Jukuri

4/21/20161© LuonnonvarakeskusModerni massasekvensointiin perustuva maaperämikrobitutkimusPerunaruven torjuntaan käytetyn biologisen torjuntaeliön vaikutus peltomaan bakteeriyhteisöön© Luonnonvarakeskus• Maljaeristys• DGGE→ Tunnistetaan kymmeniä, ehkä toistasataa lajia• Maaperässä tuhansia, ellei kymmeniä tuhansia, bakteerilajeja2 21.4.2016Jani KelloniemiPerinteiset metodit4/21/20162© Luonnonvarakeskus3 21.4.2016Jani KelloniemiMassiiviseen sekvensointiin perustuvat metodit• Pyrosekvensointi• n. 1 milj. sekvenssiä/ajo• Julkaistuissa tutkimuksissa 1000-5000 sekv./näyte• Illumina-sekvensointi• n. 10 – 1000 milj. sekvenssiä/ajo• Julkaistuissa tutkimuksissa 100 000+ sekv./näyte© Luonnonvarakeskus4 21.4.2016Jani KelloniemiMassiiviseen sekvensointiin perustuvat metodit• Pyrosekvensointi• n. 1 milj. sekvenssiä/ajo• Julkaistuissa tutkimuksissa 1000-5000 sekv./näyte• Illumina-sekvensointi• n. 10 – 1000 milj. sekvenssiä/ajo• Julkaistuissa tutkimuksissa 100 000+ sekv./näyte4/21/20163© Luonnonvarakeskus5 21.4.2016Jani KelloniemiPerunaruven torjuntaan käytetyn biologisen torjuntaeliön vaikutus peltomaan bakteeriyhteisöön© LuonnonvarakeskusBakteerilajimäärät käsittelyjen jälkeen6 21.4.2016Jani Kelloniemi4/21/20164© LuonnonvarakeskusBakteeriyhteisöjen rakenne käsittelyiden jälkeen7 21.4.2016Jani Kelloniemi© LuonnonvarakeskusMuutoksien tarkastelua taksonomiatasolla8 21.4.2016Jani Kelloniemi• Saadaan mukaan bakteerilajin/ryhmän funktio yhteisössä

Moderni massasekvensointiin perustuva maaperämikrobitutkimus

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

Jukuri