Objective: To detect acid-fast oocysts of Cryptosporidium spp. using the Ziehl-Neelsen stain (ZN) and apply molecular tools with the 18S rARN and 60 kDa glycoprotein (gp60) genes to characterize the species and subtypes present in the Valdivia province. Material and methods: 275 samples of calves from 15 dairy farms located in the Valdivia province were analyzed by ZN stain. Samples that were positive to ZN were then submitted to PCR processing aiming as target the 18S rARN and gp60 genes, with subsequent sequencing of the latter. Results: Thirty samples were positive to ZN, of which 46.6% (14/30) were confirmed by PCR amplification for 18S rARN and from those, 42.8% (6/14) also amplified the gp60 target using PCR. Subsequent sequencing of this gene showed the presence of C. parvum in 100% of the isolates and the subtypes IIaA15G2R1 (3/6), IIaA14G1R1 (2/6) and IIaA17G1R1 (1/6). Conclusions: Subtype IIaA15G2R1 was predominant, being found in two boroughs of the province. The subtype IIaA14G1R1 was found in two farms located in the same borough and, to our knowledge, this is the first time that this subtype has ever been reported in cattle in both Chile and the continent. Finally, subtype IIaA17G2R1 has been found sporadically in calves just like in the present study.Objetivo: Detectar ooquistes ácido-alcohol resistentes de Cryptosporidium spp. en terneros mediante tinción Ziehl-Neelsen (ZN) y caracterizar molecularmente las especies y subtipos presentes en la provincia de Valdivia, a través del uso de herramientas moleculares con los genes 18S rARN y gp60 que codifica una glicoproteína de 60 kDa. Materiales y métodos: 275 muestras de heces de terneros pertenecientes a 15 predios lecheros de la provincia de Valdivia, fueron analizadas mediante tinción de ZN. Las muestras positivas a ZN, se analizaron por PCR mediante la amplificación de una región de los genes 18S rARN y gp60, con posterior secuenciación. Resultados: 30 muestras resultaron positivas a ZN, de las cuales el 46.6% (14/30) logró ser confirmado mediante PCR para 18S rARN y de estas, el 42.8% (6/14) fueron positivas a la PCR para gp60. La secuenciación arrojó la presencia de C. parvum en el 100% de las muestras y los subtipos IIaA15G2R1 (3/6), IIaA14G1R1 (2/6) y IIaA17G1R1 (1/6). Conclusiones: El subtipo IIaA15G2R1 predominó, encontrándose en dos comunas de la provincia. El subtipo IIaA14G1R1 fue encontrado en dos predios de una misma comuna y su hallazgo es el primero en bovinos en Chile y el continente. Finalmente, el subtipo IIaA17G2R1 ha sido encontrado esporádicamente en terneros, al igual que en esta investigación. Las tres variantes han sido reportadas en humanos, sin embargo, no hay registros de estudios que caractericen los subtipos de C. parvum en sistemas de crianza de terneros y trabajadores simultáneamente en Chile, por consiguiente, se debe indagar en el tema
