La obesidad infantil representa un factor importante en el desarrollo del síndrome metabólico (SM). En este sentido el factor neurotrófico derivado del cerebro (BDNF: Brain Derived Neurotrophic Factor) interviene en el metabolismo energético así como en vías que controlan el peso corporal y desórdenes metabólicos. El objetivo de este estudio fue determinar si hay una correlación entre el BDNF con los marcadores que definen al síndrome metabólico en una población infantil de México. Se integraron al estudio 100 niños con un rango de edad de 5-13 años, se estratificaron en tres grupos, normo peso, sobrepeso y obesidad, a los cuales se les determinaron las variables antropométricas, percentil de la tensión arterial sistólica y diastólica, concentraciones séricas de glucosa, triglicéridos, colesterol de alta densidad (HDL) y BDNF. Se aplicó ANOVA y una correlación de Pearson. Los resultados muestran que la prevalencia de SM utilizando los criterios de Cook y Weiss fue del 14%, mientras que por la Federación Internacional de Diabetes (IDF) es del 11%. La circunferencia de cintura, triglicéridos, colesterol HDL, presión arterial sistólica/diastólica y glucosa, mostraron diferencias significativas entre los grupos estudiados (*p<0,001). El BDNF se correlacionó positivamente con la desviación estándar del índice de masa corporal de acuerdo con la edad (DE-IMCE) (p=0,01), el percentil del perímetro de la cintura (p=0,00), la presión arterial sistólica (p=0,01) y las concentraciones plasmáticas de glucosa (p=0,02). Estos datos muestran que existe una correlación entre el BDNF con la DE-IMCE, la circunferencia de la cintura, la presión arterial sistólica y glucosa.Childhood obesity represents an important factor in the development of metabolic syndrome (MS). In this sense, the brain derived neurotrophic factor (BDNF) is involved in energy metabolism as well as in pathways that control body weight and metabolic disorders. The objective of this study was to determine if there is a correlation between BDNF with the markers that define the metabolic syndrome in a child population in Mexico. The study included 100 children with an age range of 5-13 years, stratified into three groups, normal weight, overweight and obesity, which were determined anthropometric variables, percentile of systolic and diastolic blood pressure, concentrations serum glucose, triglycerides, high density cholesterol (HDL) and BDNF. ANOVA and Pearson correlation were applied. The results show that the prevalence of MS using the Cook and Weiss criteria was 14%, while for the International Diabetes Federation (IDF) it is 11%. Waist circumference, triglycerides, HDL cholesterol, systolic/diastolic blood pressure and glucose showed significant differences between the groups studied (*p<0.001). The BDNF was positively correlated with the standard deviation of the body mass index according to age (DE-IMCE) (p=0.01), the percentile of the waist circumference (p=0.00), systolic blood pressure (p=0.01) and plasma glucose concentrations (p=0.02). These data show that there is a correlation between BDNF with DE-IMCE, waist circumference, systolic blood pressure and glucose