La obstrucción recurrente de las vías aéreas (ORVA) es una enfermedad de etiología multifactorial que puede llegar a ocasionar grandes pérdidas económicas por causar una disminución del rendimiento deportivo en los animales. Hay una gran cantidad de factores y alérgenos que pueden inducir la aparición de esta patología, causando la activación del sistema inmune y dando lugar a una reacción inflamatoria que ocasiona la presentación de los signos clínicos. La activación del sistema inmune puede verse modificada o modulada por la microbiota digestiva, que es el conjunto de microorganismos que residen de manera habitual en el aparato digestivo y que tiene influencia en muchos de los sistemas de los seres vivos. En los últimos años se ha demostrado que tiene una gran importancia para el organismo, hasta tal punto que llega a considerarse “el órgano desconocido”. Teniendo en cuenta la relación de ambos, ORVA y microbiota, con el sistema inmune, el objetivo de este trabajo es realizar un diseño experimental cuya aplicación pudiese permitir comprobar si existe un vínculo entre esta patología y los microorganismos digestivos, estableciendo a la vez marcadores diagnóstico y pronóstico de la enfermedad