The checklist of macroalgae for 17 localities in the coast of Chiapas involves 53 species, including 16 Chlorophyta, 8 Phaeophyta, and 29 species of Rhodophyta. From this list, 32 species grow in estuarine habitats. Floristic affinities between Chiapas estuaries and those from the Gulf of Mexico and north of Quintana Roo, together with the fossil record, suggest an early contact during the Eocene and Miocene. The presence of two red macroalgae (one of them not clearly classified) in the deep benthos from Chiapas off shore, confirm, biologically, the up-welling process detected at the area with physical and chemical techniques. Floristic affinities with the coasts of Oaxaca, Michoacán, Colima, Jalisco, Nayarit and Sinaloa, support the characterization of an area with strong interchange of tropical, sub tropical, and temperate elements. We called this phycofloristic-mosaic. We discuss on the possibilities of integrating theory of island biogeography to future phycological studies in estuarine habitats.El inventario de macroalgas para 17 localidades en el litoral de Chiapas se compone de 53 especies, incluyendo 16 Chlorophyta , 8 Phaeophyta y 29 Rhodophyta. De las 53 especies, 32 crecen en ambientes estuarinos. Las afinidades florísticas de los estuarios chiapanecos con aquellos del sur del Golfo de México y norte de Quintana Roo, junto al registro fósil, sugieren un contacto marino durante los períodos Eoceno y Mioceno. La presencia de dos macroalgas rojas (una de ellas aún no bien clasificada) en el bentos profundo frente a Chiapas confirma biológicamente la surgencia detectada por la oceanografía física y química. Las afinidades florísticas (Chlorophyta) de Chiapas con los estados de Oaxaca, Michoacán, Colima, Jalisco, Nayarit y Sinaloa, plantean la caracterización de una zona de intercambio de elementos templados y tropicales, para lo cual proponemos el concepto de Mosaico Ficoflorístico. Se revisa la posibilidad de integrar la teoría de biogeografía de islas para los estudios de macroalgas estuarinas
