Primary productivity (pp) during October of 1996, March, April, May, June, July, September, November of 1997 and January of 1998, was estimated via natural fluorescence in La Paz bay. Simultaneously to pp vertical temperatura profiles (CTD) were registered to determine the structure of the water column, which was calculated by using the stratification index (?) from 0 to 100 m depth. The highest average values in pp (16 mg C m-3 h-1) were observed during the spring and the minimum values of ? (50 J m-3) corresponded to a almost homogeneous water column. In contrast, to other seasons (summer and autumn), the pp fell to minimum values (2 to 5 mg C m-3 h-1), while ? increased significantly (249 and 347 J m-3). The results indicated a lineal dependence between pp and water column mixture (r2 = 0.62, p <0.05) during the summer months. Periods with high stratification seem to inhibit the fertilization on the surface layer, while the well mixed water column facilitate the fertilization process. Therefore, it is evident that the water column stratification in La Paz bay plays an important role mechanism that controls the pp and partially explains the seasonal variability.Se estimó la productividad primaria (pp) vía fluorescencia natural en la bahía de La Paz durante octubre de 1996, marzo, abril, mayo, junio, julio, septiembre, noviembre de 1997, y enero de 1998. Simultáneamente a los registros de pp se realizaron perfiles verticales de temperatura (CTD) para determinar la estructura de la columna de agua, y de los cuales se estimó el índice de estratificación (?) de 0 a 100 m de profundidad. Durante primavera se observaron los valores promedio más altos de pp (16 mg C m-3 h-1) y valores bajos de ? (50 J m-3) que corresponden a una columna de agua casi homogénea. En contraste, en las subsecuentes estaciones (verano y otoño), la pp decreció a valores mínimos (2 y 5 mg C m-3 h-1), mientras que ? se incrementó significativamente (249 y 347 J m-3). Los resultados indican que existe una dependencia lineal de la pp y la mezcla en la columna de agua (r2 = 0.62, p<0.05) durante los meses de verano. Periodos con una alta estratificación tienden posiblemente a inhibir la fertilización de la capa superficial, mientras que una columna de agua bien mezclada facilita el proceso de fertilización. Por lo tanto, es evidente que en la Bahía de La Paz la estratificación asume un papel importante como mecanismo que controla la pp y explica parcialmente la variabilidad estacional observada en la bahía
