Penelitian ini dilakukan untuk mendeteksi secara molekuler bakteri Escherichia coli sebagai penyebab penyakit diare dengan menggunakan tehnik PCR. DNA genomik Escherichia coli diekstraksi menggunakan metode boiling, kemudian diamplifikasi menggunakan primer 16E1 dan 16E2. Hasil PCR positif Escherichia coli ditunjukkan dengan adanya pita fragmen DNA pada ukuran sekitar 584 pasang basa pada gel elektroforesis. Dalam penelitian ini sampel yang digunakan adalah sebanyak delapan titik dengan distribusi empat titik dari sampel air sumur bor dan empat dari air sumur galian. Dari delapan titik sampel, ada satu sampel yang terdeteksi secara molekuler yaitu mengandung Escherichia coli yaitu dengan kode sampel ASB 3yang dibuktikan dengan adanya pita DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode PCR dapat mendeteksi Escherichia coli secara spesifik dan lebih cepat.
Kata Kunci : Air, Bakteri Escherichia coli, Isolasi DNA, Tehnik PCR
