La matière organique du sol est un élément déterminant de l’activité biologique, pour laquelle, la macrofaune du sol constitue un facteur important. Cette étude a été conduite pour appréhender les effets de la macrofaune et des modes de gestion de la fertilité des sols sur l’évolution du carbone d’un lixisol en zone semi-aride du Burkina Faso. Pour ce faire, un dispositif expérimental en split-plot à trois répétitions comprenant deux traitements principaux (parcelles avec et sans macrofaune) et quatre modes de gestion de la fertilité, a été mis en place. Les résultats ont montré que la macrofaune, les modes de gestion de la fertilité et leur interaction n’ont pas eu d’effet significatif (P > 0,05) sur le carbone total et l’indice de gestion du carbone à court terme. Toutefois, la macrofaune a augmenté l’indice de gestion du carbone de 35 % ; elle a également augmenté la teneur en carbone des différentes fractions granulométriques. L’interaction entre la macrofaune et les modes de gestion de la fertilité a amélioré le rendement du niébé. L’intensification écologique des agrosystèmes par un usage raisonné des pesticides chimiques de synthèse et un apport de matière organique, pourraient améliorer à long terme, la séquestration du carbone.Mots clés : Biologie des sols, séquestration du carbone, pesticides, Burkina Faso