Introduction: the installation of any type of stomatological prosthesis produces in some patients non-physiological modifica- tions such as sub-prosthesis stomatitis. The high prevalence of this disease establishes the need to find beneficial treatment options for the health of individuals. Objective: to comparatively evaluate the effectiveness of borax and Arnica montana as homeopathic treatments for sub-prosthetic stomatitis.Method: a non-observational, quasi-experimental study was carried out during the period from December 2016 to December 2017 at the Santa Clara Specialties Stomatological Teaching Clinic. The universe consisted of 23 patients with a diagnosis of sub-prosthetic stomatitis who gave their consent to participate in the study. The entire universe was divided into two groups, one of them treated with borax and the other with Arnica montana.Results: it was obtained that the most affected ages were between 51 and 60 years, 72.7 % in those treated with Arnica Montana and 86.4 % of those treated with borax. More than 60 % of the patients had grade II lesion. 100 % of the patients treated with borax healed before the tenth day and those treated with Arabica after 14 days.Conclusions: both therapies are effective in the treatment of subprosthesis stomatitis; However, with borax, total remission of symptoms was achieved in less time than with Arnica montana. Introducción: la instalación de cualquier tipo de prótesis estomatológica, produce en algunos pacientes modificaciones no fisiológicas como la estomatitis subprótesis. La alta prevalencia que existe de esta enfermedad establece la necesidad de encontrar opciones de tratamiento ventajosas para la salud de los individuos.Objetivo: evaluar comparativamente la efectividad del bórax y la Árnica montana como tratamientos homeopáticos de la estomatitis subprótesis.Método: se realizó un estudio no observacional, cuasi-experimental durante el período comprendido de diciembre de 2016 a diciembre de 2017 en la Clínica Docente Estomatológica de Especialidades de Santa Clara. El universo estuvo conformado por 23 pacientes con diagnóstico de estomatitis subprótesis que dieron su consentimiento para participar en el estudio. Se trabajó con la totalidad del universo dividiéndose en dos grupos, uno de ellos tratado con bórax y el otro con Árnica montana.Resultados: se obtuvo que las edades más afectadas fueron entre 51 y 60 años, 72,7 % en los tratados con Árnica Montana y un 86,4 % de los tratados con bórax. Más del 60 % de los pacientes presentaban grado II de la lesión. El 100 % de los pacientes tratados con bórax curaron antes del décimo día y los tratados con Árnica a los 14 días.Conclusiones: ambas terapias son efectivas en el tratamiento de la estomatitis subprótesis; sin embargo con el bórax se logró la remisión total de los síntomas en menor tiempo que con Árnica montana