Fitoplankton dipengaruhi kondisi lingkungannya seperti kimia-fisik, nutrien perairan dan musim. Tujuan penelitian untuk menganalisa struktur komunitas dan kelimpahan fitoplankton di pulau Kotok Besar pada musim kemarau dan hujan sebagai bioindikator kualitas perairan. Penentuan titik menggunakan purposive sampling di tiga stasiun kemudian sampel diambil dengan metode filtrasi. Berdasarkan KepMen LH No. 51 tahun 2004 suhu, TDS dan pH pulau Kotok Besar di kedua musim berada di dalam baku mutu tetapi nilai pH di musim kemarau lebih tinggi dari baku mutu. Struktur komunitas fitoplankton pada kedua musim menunjukkan perairan yang subur (eutrofik) didominansi oleh Bacillariophyceae. Nilai keanekeragaman (H’), kemerataan (E), dan dominansi (D) pada musim kemarau masing-masing 2,37; 0,82 dan 0,3 sedangkan musim hujan masing-masing 1,44; 0,63 dan 0,05. Indeks saprobik pada musim kemarau dan hujan yaitu 1 dengan status nutrien β-mesosaprobik
