Se diseñó un algoritmo de organización de la gestión del conocimiento para la innovación en un municipio. El aporte fundamental radica en la secuencia metodológica de pasos que deben seguirse, donde la sistematización, tanto del conocimiento, como de la innovación, permite cubrir las brechas cognoscitivas en correspondencia con las ne-cesidades locales, hasta cubrir las brechas estratégicas del desarrollo. El método principal utilizado en el estudio es la investigación-acción. La creación del algoritmo de gestión del conocimiento favoreció la articulación entre la universidad, la innovación y el desarrollo local. Además, las bases de datos e información y la participación organizada de los actores locales crecieron de forma sostenida en los municipios